关于“没有实缴出资但与股东有免出资的协议，然而股权已经变更了”的问题，结论如下：

1. 免出资协议的法律效力：

   • 股东之间关于免除出资义务的协议，在股东内部之间通常是有效的。这种协议可以视为股东之间对出资义务的特别约定，只要不违反法律法规的强制性规定，不损害公司债权人的利益，一般会被认定为有效。
   • 然而，这种协议仅对签订协议的股东具有约束力，不能对抗公司外部的债权人。如果公司因资金不足无法清偿债务，债权人仍有权要求未实缴出资的股东在未出资范围内承担补充赔偿责任。

2. 股权变更后的法律影响：

   • 股权变更意味着股东身份和权益的转移。如果股权变更已经完成，并且办理了相应的工商变更登记手续，那么新的股东将享有相应的股东权益，并承担相应的股东义务。
   • 对于原股东：如果原股东未实缴出资，并且与新股东之间没有就出资义务进行明确约定，那么原股东可能仍然需要在未出资范围内对公司和新股东承担一定的责任。这种责任可能源于公司章程、股东协议或相关法律法规的规定。
   • 对于新股东：新股东在受让股权时，应当对原股东的出资情况进行尽职调查。如果新股东明知或应知原股东未实缴出资而仍然受让股权，那么新股东可能需要承担原股东未实缴出资的相应责任。

3. 具体法律建议：

   • 审查协议内容：首先，需要仔细审查免出资协议的具体内容，包括协议签订的时间、背景、目的以及各方的权利义务等。这有助于确定协议的法律效力和对各方的约束力。
   • 了解股权变更情况：其次，需要了解股权变更的具体情况，包括变更的时间、方式、是否办理了工商变更登记等。这有助于确定股权变更的法律效力和对各方的影响。
   • 协商解决：如果可能的话，建议各方通过协商的方式解决争议。可以就出资义务、股权变更后的责任承担等问题进行协商，并签订补充协议以明确各方的权利义务。
   • 寻求法律救济：如果协商无果，各方可以寻求法律救济。可以向法院提起诉讼或申请仲裁，要求确认免出资协议的效力、确定股权变更后的责任承担等。

4. 可能的法律后果：

   • 如果免出资协议被认定为无效或可撤销，那么原股东可能需要承担未实缴出资的相应责任，包括向公司补缴出资、向债权人承担补充赔偿责任等。
   • 如果股权变更被认定为无效或可撤销，那么股权可能恢复至变更前的状态，各方需要承担相应的法律后果。

举例说明： 假设A、B、C三位股东共同设立了一家公司，其中A未实缴出资，但与B、C签订了免出资协议。后来，A将其股权转让给了D，并办理了工商变更登记手续。如果公司因资金不足无法清偿债务，债权人可以要求A在未出资范围内承担补充赔偿责任。同时，如果D在受让股权时明知或应知A未实缴出资，那么D也可能需要承担相应的责任。

总结：没有实缴出资但与股东有免出资的协议，在股权变更后，其法律效力及责任承担问题需要根据具体情况进行分析。建议各方在签订协议和进行股权变更时，务必谨慎对待，并咨询专业律师以获取针对性的法律意见和指导。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的解释，请直接向我咨询。