针对工程项目异地申报但个人员工不同意的情况，核心结论在于企业需依法保障员工权益，通过协商、调整或依法解除劳动合同等方式妥善处理分歧。以下是具体分析：

1. 协商优先，尊重员工意愿
   根据《劳动合同法》第三十五条，变更劳动合同（如工作地点）需双方协商一致。企业应首先与员工沟通，说明异地申报的必要性（如项目需求、公司战略等），并倾听员工反对的具体原因（如家庭、生活成本等）。若员工因合理原因反对，企业可尝试提供补偿方案（如交通补贴、住宿安排、探亲假等），或调整异地工作期限，争取达成共识。

2. 依法调整，明确合同条款
   若劳动合同中已明确约定“工作地点包括公司业务覆盖范围”或“可能因项目需要调整工作地点”，且该条款不违反法律强制性规定（如未排除员工基本权益），企业可依据合同要求员工履行义务。但需注意：

   • 条款需在签订时已向员工明确说明（如加粗、单独告知）；
     
   • 调整需具有合理性（如异地工作期限、工作条件等）；
     
   • 仍需尽量减少对员工生活的影响（如提供必要支持）。

3. 依法解除劳动合同，承担补偿责任
   若员工坚决拒绝且双方无法协商一致，企业需谨慎处理解除劳动合同事宜：

   • 员工无过错时：若因项目取消等客观原因导致异地申报无法实施，企业可依据《劳动合同法》第四十条第三项（客观情况发生重大变化）解除合同，但需提前30日书面通知或支付代通知金，并支付经济补偿（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
     
   • 员工有过错时：若员工拒绝合理工作安排且无正当理由（如严重违反公司规章制度），企业可依据《劳动合同法》第三十九条解除合同，无需支付补偿。但需注意证据充分性（如书面通知、员工拒不履行的证明等）。

4. 风险提示与合规建议

   • 避免强制调岗：未经员工同意强制调岗或异地工作可能构成违法变更劳动合同，员工有权要求继续履行原合同或主张赔偿。
     
   • 完善制度流程：企业可在劳动合同或规章制度中明确“工作地点调整机制”（如需提前多久通知、补偿标准等），并确保制度经民主程序制定且已告知员工。
     
   • 留存沟通记录：与员工的协商过程（如邮件、会议纪要、签字确认文件等）需留存，以备后续争议时作为证据。

总结：企业需在合法合规框架内处理分歧，优先通过协商解决；若无法达成一致，需根据具体情况选择调整合同或依法解除，并承担相应责任。如有进一步疑问或需具体方案，可直接向我咨询。