一般情况下，已过追溯时效的行政处罚不应再立案查处。这是基于法律对时效制度的明确规定，旨在保护当事人的合法权益，避免行政机关对过时的违法行为进行处罚，从而维护法律秩序的稳定性和社会关系的相对稳定。以下是对此问题的详细分析：
一、行政处罚时效的法律规定
根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年，法律另有规定的除外。这一规定明确了行政处罚的时效限制，是行政机关决定是否立案查处的重要依据。
二、超过时效案件的处理原则
不再给予行政处罚：一旦违法行为超过了法定的追诉时效，行政机关就不得再对该行为实施行政处罚。这是法律对时效制度的明确规定，也是保障当事人权益的重要体现。
不予立案：对于超过行政处罚时效的案件，行政机关在审查后应作出不予立案的决定。立案是启动行政处罚程序的前提，而超过时效的案件已不符合立案条件，因此不应再立案查处。
三、特殊情况下的考量
尽管一般情况下超过时效的案件不应立案查处，但也存在一些特殊情况需要特别注意：
时效计算起点：对于连续或继续状态的违法行为，如持续违法排放污染物，时效从行为终了之日起计算。这意味着，只要违法行为未停止，时效就未开始起算，此时即使表面上看似超过了一般时效，但实际可能并未超过从行为终了之日起计算的时效。
法律另有规定：若其他法律对行政处罚时效有特别规定，如《治安管理处罚法》中的六个月追诉期，则应适用该特别规定。在这种情况下，即使按照《行政处罚法》的一般规定看似已过时效，但根据特别法的规定可能仍可立案查处。
恶意逃避与隐瞒：在追诉时效期间内，如果行为人再次实施同样违法行为或有充分证据证明其存在逃避、隐瞒等恶意行为，这些情况可能会影响追诉时效的计算和应用。具体需根据法律规定和案件事实判断，如果恶意行为导致违法行为持续被发现或证据得以保存，那么即使从原违法行为发生之日起看已过时效，但也可能因恶意行为而重新获得立案查处的可能性。
四、不予立案的理由与依据
法律依据充分：《中华人民共和国行政处罚法》关于时效的规定，为不予立案提供了明确的法律依据。
维护法律秩序的稳定性：时效制度有助于维护法律秩序的稳定性，防止行政机关对过时行为进行追溯，从而保障社会关系的相对稳定。
保障当事人权益：时效制度限制了行政机关的权力行使范围，避免了因时间过长而导致证据灭失或难以查证的情况，从而保护了当事人的合法权益。
综上所述，已过追溯时效的行政处罚一般不应再立案查处。但在处理具体案件时，也需考虑特殊情况对时效计算的影响，并根据法律规定和案件事实做出合理判断和处理。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。