结论：农村宅基地转让协议书中若未写明乙方反悔时付给甲方的款项，甲方是否有权主张相关款项，需根据具体情况分析，主要包括协议的具体内容、双方的真实意思表示、交易习惯以及相关法律法规的规定。

1. 协议内容与双方真实意思表示

• 协议内容：首先，需要审查宅基地转让协议书的具体内容。如果协议中明确约定了乙方反悔时应支付给甲方的款项（如违约金、赔偿金等），则甲方有权依据协议主张相关款项。
• 双方真实意思表示：若协议中未明确约定，但双方在签订协议时或协议履行过程中，有口头或其他形式的约定，且能够证明这是双方的真实意思表示，那么甲方也可能有权主张相关款项。不过，口头约定在举证上可能存在一定困难，需要充分的证据支持。

2. 交易习惯与公平原则

• 交易习惯：在农村地区，宅基地转让可能存在一定的交易习惯。如果当地有类似的交易习惯，且该习惯不违反法律法规的强制性规定，那么可以参照该习惯来处理。例如，如果当地习惯上认为反悔方应支付一定比例的款项作为补偿，那么甲方可能有权主张。
• 公平原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循公平原则，合理确定各方的权利和义务。如果乙方反悔给甲方造成了实际损失，且该损失无法通过其他方式得到补偿，那么甲方有权要求乙方承担相应的赔偿责任。

3. 相关法律法规的规定

• 宅基地转让的合法性：需要确认宅基地转让是否合法。根据相关法律法规，宅基地的转让受到一定限制，如只能在本集体经济组织成员之间转让等。如果转让行为本身违法，那么协议可能无效，甲方主张款项的权利也可能受到影响。
• 违约责任：如果协议合法有效，且乙方反悔构成违约，那么甲方有权依据协议或法律规定要求乙方承担违约责任。违约责任的形式包括继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。如果协议中未约定违约金或赔偿金的具体数额，甲方可以要求乙方赔偿因违约造成的实际损失。

4. 实际操作建议

• 收集证据：甲方应尽可能收集与宅基地转让相关的证据，如协议书、付款凭证、双方沟通记录等，以证明自己的主张。
• 协商解决：在发生纠纷时，双方可以首先尝试通过协商解决。协商过程中，可以明确各自的权利和义务，以及反悔时应承担的责任。
• 法律途径：如果协商无果，甲方可以通过法律途径维护自己的权益。可以向人民法院提起诉讼或申请仲裁，要求乙方承担违约责任或赔偿责任。

后续行动建议：若您面临此类情况，建议首先审查协议内容，收集相关证据，并尝试与对方协商解决。若协商无果，可及时咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。