结论：男同事因女同事坐其腿上被开除是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从公司规章制度角度
若公司规章制度明确规定此类行为属于严重违纪：
- 如果公司有明确的规章制度，且该制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并向员工进行了公示或告知，同时该制度中明确将男女同事间不适当的身体接触（如女同事坐男同事腿上）列为严重违反公司纪律的行为，那么公司以此为由开除男同事，在程序和实体上均可能合法。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。
若公司规章制度未明确规定或规定不明确：
- 如果公司规章制度中未明确将此类行为列为违纪行为，或者规定较为模糊，那么公司以此为由开除男同事可能缺乏明确的制度依据，此时开除行为可能被认定为违法。
二、从行为性质及后果角度
若行为未造成严重后果或不良影响：
- 如果男女同事之间的开玩笑行为并未造成工作秩序的严重混乱，也未对公司形象或员工关系产生负面影响，那么公司以此为由开除男同事可能过于严厉，缺乏合理性，可能被认定为违法解除。
若行为造成严重后果或不良影响：
- 如果该行为被其他员工视为性骚扰或不当行为，引发了员工之间的矛盾或投诉，甚至对公司形象造成了损害，那么公司可能基于维护工作秩序和员工关系的考虑，认为该行为属于严重违纪，并据此开除男同事。但即便如此，公司仍需确保其开除决定符合公司规章制度和法律法规的规定。
三、从法律程序角度
- 无论公司基于何种理由开除员工，均需遵循法定程序：
- 公司应事先将理由通知工会（如有），并听取工会的意见。
- 公司应向员工出具书面解除劳动合同的通知，并说明解除的理由和依据。
- 如果员工对解除决定不服，可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼，维护自己的合法权益。
建议
- 对于男同事：如果认为公司的开除决定违法，可以收集相关证据（如公司规章制度、解除劳动合同的通知、同事证言等），向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。
- 对于公司：在制定和执行规章制度时，应确保规章制度的合法性和合理性，明确违纪行为的种类和后果，并在开除员工时遵循法定程序，以避免法律风险。
总结：男同事因女同事坐其腿上被开除是否合法，需结合公司规章制度、行为性质及后果以及法律程序等多方面因素进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。