结论：公司员工停职调查期间是否发放工资，主要取决于停职的具体原因、用人单位的规章制度以及相关的劳动法律法规。一般情况下，若员工无过错，应正常或按最低工资标准支付工资；若存在过错嫌疑，则视调查结果决定工资扣减情况，但不得低于当地最低工资标准。

一、停职原因与工资发放的关系

1. 因单位原因停职

   • 非员工过错原因：如公司经营困难、业务转型或内部调查等，且员工本身不存在过错行为，公司应按照劳动合同的约定正常发放工资。若停职时间超过一个工资支付周期，且员工提供了正常劳动，公司支付的工资不得低于当地最低工资标准；若员工未提供正常劳动，公司应按照不低于当地最低工资标准的一定比例（各地规定有所不同，一般在70%-80%左右）支付生活费。
   • 员工配合调查：若员工无过错且积极配合公司内部调查，工资应正常发放。

2. 因员工自身原因导致停职

   • 违反公司规章制度：如员工严重违反合法、合理且经过民主程序制定并向员工公示的规章制度，公司可以停发工资作为惩罚，但需确保规章制度的内容合法且制定程序合法。不过，即使在这种情况下，若最终调查证明员工无过错，公司也应补发停职期间的全部工资。
   • 涉嫌违法犯罪：员工因涉嫌违法犯罪被依法采取限制人身自由措施期间，公司可以停止支付工资。但若最终被认定无罪或不构成应受处罚的情形，员工有权要求补发工资。
   • 员工主动申请停职：若员工主动申请停职，公司通常会停发全部工资，因为这是员工自愿放弃工作机会和劳动报酬。

二、法律依据

• 《中华人民共和国劳动合同法》：该法规定，用人单位应依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者权益，不得克扣或无故拖欠工资。同时，也明确了用人单位在特定情况下可以暂停支付工资的情形，但需符合法律法规的规定。
• 《中华人民共和国劳动法》：该法明确用人单位克扣或无故拖欠劳动者工资的法律责任，包括支付工资报酬、经济补偿及赔偿金。这为员工在停职调查期间维护自己的工资权益提供了法律保障。

三、实际操作建议

1. 公司层面

   • 明确停职原因：在决定停职员工前，公司应明确停职的具体原因，并确保该原因符合法律法规和公司规章制度的规定。
   • 依法支付工资：根据停职原因和法律法规的规定，公司应依法支付员工停职期间的工资或生活费，确保员工的基本生活需求得到满足。
   • 加强沟通协商：在停职调查期间，公司应加强与员工的沟通协商，及时告知员工停职的原因、期限以及工资发放情况等信息，以减少不必要的纠纷和误解。

2. 员工层面

   • 了解自身权益：员工在停职调查期间应了解自己的合法权益，包括工资发放标准、基本生活保障等。这有助于员工在维护自己权益时更加有理有据。
   • 保留相关证据：若员工对停职决定或工资发放有异议，应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、停职通知等，以便在需要时向劳动保障监察机构投诉举报或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 及时维权：若员工认为自己的权益受到侵害，应及时向公司提出异议并寻求解决方案。若协商不成，员工可依法向劳动保障监察机构投诉举报或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁以维护自己的合法权益。

综上所述，公司员工停职调查期间是否发放工资需根据具体情况综合判断。公司和员工都应充分了解相关法律法规和合同约定，以确保双方权益得到妥善保障。在实际操作中，应加强沟通与协商，共同解决停职期间的工资问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。