改变土地使用性质，一般由县级以上人民政府自然资源主管部门进行处罚。以下是详细解析：
一、法律依据与处罚主体
《中华人民共和国土地管理法》：
- 该法明确规定了土地使用性质变更的审批程序，以及未经批准擅自变更土地使用性质的处罚措施。
- 第七十九条规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。
《中华人民共和国城乡规划法》：
- 该法规定了建设单位应按照规划条件进行建设，确需变更的，必须向城市、县人民政府城乡规划主管部门提出申请。
- 第六十四条规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
二、处罚措施与情节认定
行政处罚：
- 对于私自更改土地使用性质的行为，相关部门有权责令限期改正，恢复原土地用途，并可处以罚款。
- 罚款的数额根据违法行为的严重程度、当地的相关法规以及政策来确定，一般会有一定的比例范围，如建设工程造价的百分之五以上百分之十以下等。
- 若情节严重，如非法占用农用地数量较大或造成严重后果的，可能面临拆除违建、没收违法所得等更严厉的处罚。
刑事责任：
- 在某些情况下，如非法占用农用地数量较大或造成严重后果的，行为人可能被追究刑事责任，如非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
情节认定：
- 具体情节包括非法转让、倒卖基本农田、耕地及其他土地的面积大小，非法获利的数额，以及非法占用并毁坏防护林地、特种用途林地及其他林地的面积大小等。
三、特殊情况与单位犯罪
特殊情况：
- 如果改变土地使用性质的行为涉及城市规划区内的土地，且未经过城市规划行政主管部门的同意，那么除了自然资源主管部门的处罚外，还可能面临城乡规划主管部门的处罚。
单位犯罪：
- 如果是单位犯上述罪行，还会对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前述规定处罚。
四、建议与结论
建议：
- 在进行任何与土地使用性质改变有关的活动之前，务必咨询专业的法律人士或机构，如向我咨询，以确保行为的合法性和合规性。
- 如果已经发生了私自更改土地使用性质的行为，建议尽快与相关部门沟通，主动纠正违法行为，以减轻可能的法律后果。
结论：
- 改变土地使用性质是一个复杂的法律问题，涉及的法律后果可能很严重。因此，必须依法进行，未经批准擅自变更属于违法行为，将受到法律的严格制裁。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。