在刑事案件中，公诉机关在二审阶段提交新证据，其合法性取决于是否符合法律规定的条件和程序。以下从不同角度详细分析：

1. 法律依据与原则

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，二审程序的主要任务是对一审判决进行审查，纠正错误，确保案件公正处理。在这一过程中，如果公诉机关发现新的证据，且该证据对案件事实认定或法律适用有重大影响，理论上是可以提交的。但关键在于，这一行为必须严格遵循法律规定的条件和程序。

2. 提交新证据的合法性条件

• 证据的关联性：新证据必须与案件事实具有直接关联，能够证明或反驳某一关键事实。如果新证据与案件无关，或者对案件事实认定无实质性影响，那么其提交可能不被允许。
• 证据的合法性：新证据的收集、固定、保存等程序必须合法，不得侵犯当事人的合法权益。如果新证据是通过非法手段获取的，如刑讯逼供、非法搜查等，那么其提交将违反法律规定，不被采纳。
• 提交的时机：虽然二审阶段可以提交新证据，但并非无限制。公诉机关应在合理的时间内提交新证据，以便二审法院有足够的时间进行审查。如果公诉机关故意拖延提交时间，或者无正当理由在二审开庭前或开庭时才突然提交新证据，可能被视为不合法。

3. 实践中的考量因素

• 对一审判决的影响：二审法院在审查新证据时，会重点考虑其对一审判决的影响。如果新证据足以推翻一审判决，或者对一审判决的认定产生重大疑问，那么二审法院可能会采纳新证据，并据此作出新的判决。
• 当事人的权利保障：在提交新证据时，公诉机关应确保当事人的知情权、申辩权等合法权益得到充分保障。例如，公诉机关应提前将新证据告知被告人及其辩护人，以便他们有足够的时间进行准备和申辩。
• 二审法院的审查权：二审法院对新证据具有独立的审查权。即使公诉机关提交了新证据，二审法院也会根据法律规定和案件实际情况，对新证据的合法性、关联性、证明力等进行全面审查，并决定是否采纳。

4. 可能的法律后果

• 如果新证据被采纳：二审法院可能会根据新证据对案件事实进行重新认定，并据此作出新的判决。这可能导致一审判决被撤销、改判或者发回重审。
• 如果新证据不被采纳：二审法院可能会维持一审判决，或者对一审判决进行部分修改但不影响主要事实认定。同时，如果公诉机关提交新证据的行为违反法律规定或程序，二审法院还可能对其提出批评或警告。

总结与建议：在刑事案件中，公诉机关在二审阶段提交新证据并非绝对合法或非法，而是取决于是否符合法律规定的条件和程序。如果你作为当事人或辩护人，面临公诉机关在二审阶段提交新证据的情况，建议你及时咨询专业律师（即我，张磊律师），以便更好地了解新证据的合法性、关联性及其对案件的影响，并据此制定有效的辩护策略。