员工赔偿店铺违约金是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法情形
劳动合同或规章制度中有明确约定：
- 如果劳动合同中明确约定了员工在特定情况下（如违反竞业限制、泄露商业秘密等）需要支付违约金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么员工在违反这些约定时，赔偿违约金是合法的。
- 同样，如果店铺的规章制度中明确规定了员工违约时需要支付的违约金，并且这些规章制度已经通过民主程序制定，且已向员工公示或告知，那么员工违反规章制度时，赔偿违约金也是合法的。
员工给店铺造成实际损失：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果员工因故意或重大过失给用人单位造成损失，用人单位有权要求员工赔偿损失。在这种情况下，如果店铺能够证明员工的行为确实造成了损失，并且损失金额与违约金数额相当或合理，那么员工赔偿违约金是合法的。
二、不合法情形
劳动合同或规章制度中无明确约定：
- 如果劳动合同或店铺的规章制度中没有明确约定员工需要支付违约金的情形，那么店铺要求员工赔偿违约金就缺乏法律依据，是不合法的。
违约金数额过高或不合理：
- 即使劳动合同或规章制度中有明确约定违约金，但如果违约金数额过高或不合理，超出了员工实际能够承担的范围，或者与员工造成的损失不成比例，那么这样的违约金约定可能被视为无效或可撤销。
店铺存在违法行为：
- 如果店铺本身存在违法行为（如未按时支付工资、未提供劳动保护等），导致员工离职或违反约定，那么店铺要求员工赔偿违约金也是不合法的。因为店铺的违法行为可能是导致员工违约的直接原因。
三、法律建议
对于员工：
- 在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于违约金的约定。如果认为违约金条款不合理或存在疑问，应及时与店铺沟通并寻求法律意见。
- 如果店铺要求赔偿违约金，员工应要求店铺提供充分的证据证明其损失和违约金的合理性。如果认为店铺的要求不合法或不合理，可以拒绝支付并寻求法律援助。
对于店铺：
- 在制定劳动合同和规章制度时，应明确约定员工需要支付违约金的情形和数额，并确保这些约定不违反法律法规的强制性规定。
- 如果员工违约并造成损失，店铺应及时收集证据并计算损失金额。在要求员工赔偿违约金时，应确保违约金数额与损失金额相当或合理。
总结来说，员工赔偿店铺违约金是否合法取决于劳动合同、规章制度的约定以及员工是否给店铺造成实际损失。在处理此类纠纷时，建议双方都保持冷静和理性，通过协商或法律途径解决争议。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。