在行政复议申请不予受理后提起行政诉讼时，被告复议机关不提交内部审批流程证据，这通常是因为内部审批流程证据不属于行政诉讼中必须提交的证据范畴，或者该证据与案件的直接事实认定无直接关联。以下从几个方面进行详细分析：
一、内部审批流程证据的性质
内部审批流程证据，如行政机关内部的审批表、会议纪要等，通常属于行政机关的内部工作文件。这些文件主要用于行政机关内部的决策和管理，并不直接对外产生法律效力。在行政诉讼中，法院主要审查的是行政机关对外作出的具体行政行为的合法性，而不是其内部决策过程的合法性。因此，除非这些内部文件直接影响了具体行政行为的作出，且对案件的实体处理有直接影响，否则一般不被视为必须提交的证据。
二、行政诉讼的证据规则
在行政诉讼中，证据的提交和认定遵循一定的规则。根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释的规定，被告（即行政机关）对其作出的具体行政行为负有举证责任，应当提供作出该具体行政行为的证据和所依据的规范性文件。然而，这并不意味着被告需要提交所有与案件相关的文件，特别是那些与案件实体处理无直接关联的内部文件。
三、被告不提交内部审批流程证据的可能原因
证据与案件无直接关联：如果内部审批流程证据与案件的直接事实认定无直接关联，那么被告可能认为这些证据对于证明其具体行政行为的合法性并无帮助，因此选择不提交。
保护内部信息：行政机关可能出于保护内部信息、维护行政效率或避免不必要的公开等考虑，选择不提交内部审批流程证据。
法律未明确要求：除非法律、法规或司法解释明确要求行政机关在行政诉讼中提交内部审批流程证据，否则被告可能没有义务提交这些证据。
四、原告的应对策略
如果原告认为内部审批流程证据对于证明案件事实、揭示行政机关决策过程的不合法性或不当性具有重要意义，可以采取以下策略：
申请法院调取证据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，原告可以申请法院调取与案件有关的证据。如果法院认为有必要，可以要求被告提交相关内部审批流程证据。
提供线索或证据：原告可以提供线索或证据，表明内部审批流程证据可能存在于被告处，并请求法院责令被告提交。
利用其他证据证明案件事实：如果内部审批流程证据确实无法获取，原告可以尝试利用其他证据来证明案件事实，如行政机关的对外公告、通知、决定书等。
五、法律后果
如果被告无正当理由拒不提交对其作出的具体行政行为合法性有重要影响的内部审批流程证据，且该证据确实存在且能够获取，法院可能会根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，认定被告未履行举证责任，从而判决被告败诉或承担不利后果。然而，这并不意味着所有内部审批流程证据都必须提交，法院会根据案件的具体情况和证据的重要性进行综合判断。
总结来说，被告复议机关在行政诉讼中不提交内部审批流程证据，并不一定意味着其存在违法行为或逃避举证责任。原告应根据案件的具体情况和证据的重要性，合理选择应对策略，以维护自己的合法权益。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。