结论：违规建设超平方且未领取新宅基地证的情况下起诉邻居侵占土地，法院是否受理取决于多个因素，包括土地权属是否清晰、证据是否充分以及诉讼时效等。以下从不同角度进行详细分析：
一、土地权属清晰性
宅基地权属证明：
- 宅基地的使用权通常需要通过宅基地证来确认。若您未领取新宅基地证，但原有宅基地证或其他合法权属证明能够明确您的土地使用权范围，且邻居的侵占行为确实超出了您的使用权范围，那么您有权向法院提起诉讼。
- 若您既无新宅基地证，也无其他合法权属证明，且土地权属存在争议，那么法院可能会要求您先通过行政途径（如向当地土地管理部门申请确权）解决土地权属问题，再考虑是否受理诉讼。
违规建设的影响：
- 违规建设超平方本身并不影响您对宅基地的合法使用权，但可能会影响您对违规建设部分的权益主张。法院在审理时，可能会要求您先拆除违规建设部分或接受相关处罚，再处理土地侵占问题。
二、证据充分性
侵占事实的证据：
- 您需要提供充分的证据证明邻居确实侵占了您的土地，如现场照片、视频、证人证言、土地测量报告等。
- 若证据不足或存在争议，法院可能无法支持您的诉讼请求。
土地权属的证据：
- 如前所述，您需要提供宅基地证或其他合法权属证明来确认您的土地使用权范围。
- 若无法提供，您可能需要通过其他方式（如历史使用记录、相邻关系证明等）来辅助证明您的土地权属。
三、诉讼时效
一般诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 若您发现邻居侵占土地后未在三年内提起诉讼，且无法证明存在诉讼时效中断或延长的情形，那么法院可能会以超过诉讼时效为由驳回您的诉讼请求。
特殊情况下的诉讼时效：
- 若您因不可抗力或其他正当理由无法在三年内提起诉讼，可以向法院申请延长诉讼时效。
四、法律建议
收集证据：
- 在提起诉讼前，务必收集充分的证据来证明邻居的侵占行为和您的土地权属。
咨询专业意见：
- 由于土地纠纷涉及复杂的法律问题和地方政策，建议您在提起诉讼前咨询专业律师的意见，以评估诉讼风险和制定合适的诉讼策略。
考虑行政途径：
- 若土地权属存在争议或证据不足，您可以先向当地土地管理部门申请确权或调解，以尝试通过行政途径解决问题。
及时提起诉讼：
- 若您决定通过诉讼途径解决问题，请务必在诉讼时效期间内提起诉讼，以免丧失胜诉权。
总结：违规建设超平方且未领取新宅基地证的情况下起诉邻居侵占土地，法院是否受理取决于土地权属是否清晰、证据是否充分以及诉讼时效等多个因素。建议您在提起诉讼前充分评估这些因素，并咨询专业律师的意见以制定合适的诉讼策略。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。