如果发现邻居的宅基地确权证上存在违建，你仍然有权起诉。不过，在处理此类宅基地违建纠纷时，有多种可能的途径和考虑因素。

1. 行政举报与协调：

   • 你可以首先尝试向当地的街道办事处或相关行政部门进行举报，指出邻居的违建行为。
   • 行政部门可能会进行调查，并尝试通过协调来解决纠纷。如果邻居愿意配合，可能会在行政部门的调解下主动整改违建部分。

2. 民事诉讼：

   • 如果行政举报未能解决问题，或者你认为行政部门的处理不够恰当，你可以选择通过民事诉讼来维护自己的权益。
   • 在民事诉讼中，你需要提供充分的证据来证明邻居的违建行为对你的合法权益造成了侵害，比如影响你的通行、采光、通风等。
   • 法院将会根据事实和法律规定，对纠纷进行审理，并作出相应的判决。

3. 法律依据：

   • 根据相关法律法规，宅基地的使用和建设需要遵守一定的规划和许可要求。如果邻居的违建行为违反了这些规定，你就有权依法维护自己的权益。
   • 在诉讼过程中，你可以依据《民法典》中关于相邻关系、物权保护等规定来主张自己的权利。

4. 诉讼风险与考虑：

   • 诉讼过程可能会比较复杂和耗时，而且结果也存在一定的不确定性。因此，在决定起诉之前，你需要仔细权衡利弊，考虑是否值得投入时间和精力去争取自己的权益。
   • 同时，你也可以考虑寻求专业律师的帮助，以便更好地理解和运用法律知识，提高诉讼的成功率。

综上所述，如果你发现邻居的宅基地确权证上存在违建，并且对你的合法权益造成了侵害，你有权选择通过行政举报或民事诉讼等途径来维护自己的权益。在具体操作中，建议你根据实际情况和法律规定来做出合理的选择。