针对您提出的“邻居宅基地有纠纷办证合法吗怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、关于纠纷期间办证的合法性
在宅基地存在纠纷的情况下，直接办理相关证件（如宅基地使用证、房屋产权证等）通常是不被允许的。因为办证过程需要确认宅基地的权属清晰，无争议。如果存在纠纷，相关部门在审核时会要求先解决纠纷，确保权属明确后再进行办证。因此，在纠纷未解决前，直接办证是不合法的。
二、纠纷解决途径
协商解决：
- 双方当事人应首先尝试直接沟通，互谅互让，通过协商达成一致。可以依据宅基地使用证、土地承包合同等相关文件，明确各自的权益范围，尝试签订书面协议来明确边界或解决方案。
人民调解：
- 如果协商不成，可以向村民委员会或乡（镇）人民政府等第三方调解组织申请调解。调解组织会听取双方陈述，调查核实情况，并提出调解方案。双方接受后，可以签订调解协议，该协议具有法律效力。
行政处理：
- 对于个人之间或个人与单位之间的宅基地纠纷，可以向乡级或县级以上人民政府提交书面处理申请，附上相关证据材料。政府部门会进行调查取证，并根据法律法规和政策规定作出处理决定。
行政复议或行政诉讼：
- 如果对政府处理决定不服，可以在接到通知之日起三十日内向上一级人民政府申请行政复议。复议后仍不满的，或者在六个月内直接向人民法院提起行政诉讼。法院将全面审理案件，并作出判决。
民事诉讼：
- 对于宅基地侵权纠纷、房屋买卖纠纷等平等民事主体间的纠纷，可以直接向人民法院提起民事诉讼。需要准备起诉状、相关证据材料等，并按照法院的立案与审理程序进行。
三、建议与注意事项
- 保留好相关证据：务必保留好宅基地使用证、房屋产权证、土地承包合同等相关证据，以证明自身权益。
- 遵守法律法规：在纠纷处理过程中，应遵守法律法规和程序规定，避免采取过激或不合法的行为。
- 寻求专业帮助：如果纠纷复杂或难以解决，可以寻求律师或法律援助机构的帮助，以更好地维护自身权益。
综上所述，邻居宅基地有纠纷时，直接办证是不合法的。您应该通过协商、调解、行政处理、行政复议或诉讼等途径解决纠纷，并在纠纷解决后再进行办证。希望这些解答能对您有所帮助。