结论：宅基地被邻居侵占超过三年伸诉期且邻居办了房产证，这一行为是否合法需分情况讨论，一般情况下邻居的行为不合法，但具体还需结合实际情况判断。

分析如下：

1. 关于伸诉期（诉讼时效）的问题：

   • 在宅基地纠纷中，诉讼时效通常不是决定侵占行为是否合法的关键因素。诉讼时效主要是规定权利人在多长时间内需要提起诉讼以维护自己的权益，超过这个期限，权利人可能会丧失胜诉权，但并不意味着侵占行为本身变得合法。
   • 宅基地使用权是农村村民的重要财产权，受到法律保护。即使超过诉讼时效，原宅基地使用权人仍有权要求侵占者返还宅基地，只是可能在诉讼中面临一定的困难。

2. 关于邻居办理房产证的问题：

   • 宅基地上的房屋属于农村村民的私有财产，但宅基地本身属于集体所有，村民只有使用权，没有所有权。因此，在宅基地上办理房产证需要符合相关法律法规的规定。
   • 如果邻居在未经原宅基地使用权人同意的情况下，擅自侵占宅基地并办理了房产证，这一行为很可能是违法的。因为邻居没有合法的宅基地使用权，也就没有权利在宅基地上办理房产证。
   • 另一方面，如果邻居是通过合法途径（如购买、继承等）获得了宅基地上的房屋所有权，并且符合办理房产证的条件，那么其办理房产证的行为可能是合法的。但这种情况下，邻居仍然需要尊重原宅基地使用权人的权益，不能擅自侵占宅基地。

3. 综合判断：

   • 在大多数情况下，邻居侵占宅基地并办理房产证的行为是不合法的。因为邻居没有合法的宅基地使用权，其侵占行为侵犯了原宅基地使用权人的合法权益。
   • 如果邻居确实通过合法途径获得了宅基地上的房屋所有权，并且符合办理房产证的条件，但其行为仍然需要受到法律的严格监管，确保不侵犯原宅基地使用权人的权益。

法律建议：

• 如果您发现宅基地被邻居侵占且邻居办理了房产证，建议您首先收集相关证据（如宅基地使用权证、房屋照片、邻居侵占的证据等）。
• 然后，您可以与邻居进行协商，要求其返还宅基地并撤销房产证。如果协商无果，您可以向当地农村土地管理部门或法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
• 在诉讼过程中，您需要注意诉讼时效的问题，尽量在诉讼时效内提起诉讼。同时，您也需要提供充分的证据来证明自己的权益受到了侵犯。

可能后果：

• 如果邻居的行为被认定为违法，其可能需要承担返还宅基地、赔偿损失等法律责任。
• 如果邻居的行为被认定为合法（尽管这种情况较为罕见），您可能需要通过其他途径（如协商、调解等）来解决纠纷，或者接受现实并寻求其他补偿方式。但无论如何，您都有权要求邻居尊重您的合法权益。