结论：在判断公司出具借条借款但款项转给实际控制人时谁是借款人的问题上，关键在于借款合同的实际履行情况以及款项的最终流向和用途。一般来说，若借款合同由公司签订且款项名义上借给公司，但实际被公司实际控制人使用，借款人原则上仍为公司，但实际控制人可能因实际使用款项而承担连带责任或其他法律责任。以下从不同角度进行详细分析：
一、借款合同的形式与实质
形式上：借款合同是双方当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。若借款合同上明确写明借款人为公司，且公司作为合同的一方在合同上签字或盖章，那么从形式上看，借款人就是公司。
实质上：然而，法律不仅关注合同的形式，更关注合同的实质履行情况。如果款项虽然名义上借给公司，但实际上被公司的实际控制人用于个人用途，或者公司并未实际使用该款项，而是直接转给了实际控制人，那么这种情况就可能构成借款用途的变更。
二、款项的流向与用途
款项流向：如果借款款项直接打入了公司账户，但随后被公司转给了实际控制人，且没有合理的商业理由或公司决策程序支持这一转账行为，那么这可能表明实际控制人是款项的实际使用者。
款项用途：款项的用途也是判断借款人的重要因素。如果款项被用于实际控制人的个人消费、投资或其他非公司经营活动，那么这进一步支持了实际控制人是款项实际使用者的观点。
三、法律责任与风险
公司责任：作为借款合同的形式上的借款人，公司仍然需要承担还款责任。因为借款合同是公司与出借人之间签订的，公司有义务按照合同约定还款。
实际控制人责任：如果实际控制人实际使用了借款款项，并且没有合理的商业理由或公司决策程序支持其使用行为，那么出借人可以要求实际控制人承担连带责任或其他法律责任。这取决于具体案件的事实和证据情况，以及法院的裁判观点。
四、实际操作建议
审查借款合同：首先，应仔细审查借款合同的内容，特别是关于借款用途、还款方式等条款的约定。
调查款项流向：其次，应调查借款款项的实际流向和用途，以确定款项是否被公司实际使用或是否被转给了实际控制人。
收集证据：在调查过程中，应收集相关证据，如银行转账记录、公司决策程序文件等，以支持自己的观点。
咨询专业律师：如果涉及复杂的法律问题或争议，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
总结来说，在判断公司出具借条借款但款项转给实际控制人时谁是借款人的问题上，需要综合考虑借款合同的形式与实质、款项的流向与用途以及法律责任与风险等因素。如果在实际操作中遇到相关问题或争议，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。