人民法院在审理工程案件时，若发现存在工程挂靠、公司转包情形，通常会按以下方式处理：

1. 认定合同效力
   根据《民法典》第791条及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第1条，挂靠、转包行为因违反法律强制性规定（如《建筑法》第26、28条），相关施工合同通常会被认定为无效。法院会重点审查合同签订主体、资金流向、实际施工人参与程度等，综合判断是否存在“借用资质”或“肢解分包”情形。

2. 明确责任承担主体

   • 挂靠情形：实际施工人（挂靠方）与被挂靠企业需对工程质量、工期延误等承担连带责任。若因挂靠导致发包方损失，法院可能判决被挂靠企业先行赔偿，再向挂靠方追偿。
     
   • 转包情形：转包方与实际施工人需对工程款支付、农民工工资等承担连带责任。若转包导致工程不合格，转包方与实际施工人可能共同承担修复费用或赔偿责任。

3. 工程款结算规则

   • 若工程验收合格，法院可参照合同约定结算工程款，但会剔除因违法转包、挂靠产生的“管理费”等不合理费用。
     
   • 若工程未验收或不合格，实际施工人可能无法主张全额工程款，需根据过错程度分担损失。

4. 行政处罚与刑事风险提示
   法院在判决中可能提示当事人，挂靠、转包行为除承担民事责任外，还可能面临行政处罚（如罚款、吊销资质），情节严重的可能构成“串通投标罪”“重大责任事故罪”等刑事犯罪。

实务建议：

• 当事人应保留合同、付款凭证、施工记录等证据，证明实际施工人身份或资金流向。
  
• 若涉及多层转包，需梳理各层法律关系，明确责任主体。
  
• 法院可能依职权追加实际施工人或被挂靠企业为第三人，当事人需提前准备应诉策略。
  

如有具体案件细节，可进一步向我说明，我会结合证据链分析风险点。