结论：被告对工程面积鉴定结果有异议并要求鉴定单位回复，这通常是被告在诉讼过程中行使自己权利的一种表现，旨在通过要求鉴定单位进一步解释或说明鉴定结果，来质疑或确认鉴定结果的准确性和合理性。以下是对此问题的详细分析：
一、被告要求鉴定单位回复的意图
- 质疑鉴定结果：被告可能认为鉴定结果存在误差或不合理之处，因此要求鉴定单位进行回复，以进一步了解鉴定过程和依据，从而质疑鉴定结果的准确性。
- 确认鉴定结果：被告也可能希望通过要求鉴定单位回复，来确认鉴定结果的合理性和准确性，以便在诉讼中更好地维护自己的权益。
二、鉴定单位回复的可能内容
- 鉴定过程和依据：鉴定单位可能会详细解释鉴定过程，包括使用的测量工具、测量方法、计算过程等，以及鉴定所依据的法律法规、行业标准或技术规范等。
- 对异议的回应：针对被告提出的异议，鉴定单位会进行逐一回应，解释为何鉴定结果是准确和合理的，或者指出被告异议中的不合理之处。
三、法律背景与建议
法律背景：
- 在建设工程纠纷中，工程面积的鉴定结果往往作为确定工程价款、工期等关键因素的重要依据。
- 被告对鉴定结果有异议并要求回复，是诉讼过程中常见的权利行使方式，旨在确保鉴定结果的公正性和准确性。
法律建议：
- 对于原告：如果原告是鉴定结果的提出方，应准备好相关证据和资料，以支持鉴定结果的准确性和合理性。同时，也可以对被告的异议进行回应和反驳。
- 对于被告：如果被告对鉴定结果有异议，应及时提出并要求鉴定单位回复。在回复过程中，应仔细审查鉴定单位的解释和说明，必要时可以聘请专业律师或专家进行协助分析。
- 双方共同：无论原告还是被告，都应保持冷静和理性，通过合法途径解决争议。在诉讼过程中，应尊重鉴定单位的权威性和专业性，避免无端质疑或攻击鉴定单位。
四、可能的法律后果
- 如果鉴定结果被确认：如果鉴定单位在回复后，鉴定结果被法院确认其准确性和合理性，那么该鉴定结果将作为判决的重要依据。
- 如果鉴定结果被质疑：如果被告提出的异议得到法院支持，或者鉴定单位在回复中承认鉴定结果存在误差或不合理之处，那么法院可能会要求重新进行鉴定或采用其他方式确定工程面积。
总结与进一步行动建议：被告对工程面积鉴定结果有异议并要求鉴定单位回复，是诉讼过程中常见的权利行使方式。双方应保持冷静和理性，通过合法途径解决争议。如果你或对方在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。