公司以侵犯商业秘密罪起诉员工，需向公安机关提交以下核心材料以支持立案，具体可分为四类关键证据：

1. 证明商业秘密的“秘密性”与“价值性”

• 秘密性证据：需证明该信息未公开且难以通过公开渠道获取。例如：
  • 公司内部保密制度文件（如《员工手册》《保密协议》）；
  • 研发记录、技术文档、客户名单等原始载体；
  • 第三方机构出具的“非公知性鉴定报告”（如知识产权司法鉴定意见）。
• 价值性证据：需证明该信息具有实际或潜在经济价值。例如：
  • 商业秘密的研发成本证明（如财务支出凭证）；
  • 使用该信息带来的收益证明（如合同、利润表）；
  • 行业专家对技术或客户信息价值的评估意见。

2. 证明员工存在“侵权行为”

• 行为证据：需证明员工实施了获取、披露、使用或允许他人使用商业秘密的行为。例如：
  • 员工接触商业秘密的权限记录（如系统登录日志、门禁记录）；
  • 员工与竞争对手的通信记录（如邮件、微信、短信）；
  • 员工离职后加入竞争对手的劳动合同或任职证明；
  • 现场抓拍的侵权行为照片或视频（如拷贝文件、传递资料）。
• 主观故意证据：需证明员工明知或应知其行为侵犯商业秘密。例如：
  • 员工签署的《保密协议》或《竞业限制协议》；
  • 员工在离职前大量下载或复制公司文件的记录；
  • 员工与竞争对手的利益往来证明（如转账记录、礼品往来）。

3. 证明“损失或违法所得”

• 公司损失证据：需证明因员工侵权行为导致的直接经济损失。例如：
  • 商业秘密泄露后客户流失的合同或订单；
  • 公司为恢复商业秘密投入的额外成本（如重新研发费用）；
  • 第三方机构出具的损失评估报告。
• 员工违法所得证据：需证明员工通过侵权行为获得的非法收益。例如：
  • 员工在竞争对手处的薪资证明；
  • 员工账户异常资金流入记录（如与竞争对手的转账）；
  • 员工通过侵权行为获得的分红或股权证明。

4. 其他辅助证据

• 报警材料：公司需向公安机关提交《刑事控告书》，详细说明侵权事实、证据及法律依据；
• 证人证言：如其他员工目击侵权行为，可提供证人证言；
• 鉴定意见：如涉及技术秘密，可委托专业机构对侵权产品与商业秘密的相似性进行鉴定。

注意事项

1. 证据合法性：所有证据需通过合法途径获取，例如通过公司内部系统调取的记录需有合法授权，通信记录需符合电子数据取证规范；
2. 证据关联性：证据需与侵权行为直接相关，例如员工与竞争对手的通信记录需明确涉及商业秘密内容；
3. 及时性：商业秘密侵权案件需尽快取证，避免证据灭失（如员工删除文件、离职后难以联系）。

建议：公司应优先委托律师协助整理证据，确保材料符合刑事立案标准。若证据不足，公安机关可能不予立案，此时可通过民事诉讼主张侵权责任。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体证据的收集与固定方法。