结论：挂靠人与包工头签订协议时，被挂靠的公司是否要承担付款责任，这并非一个简单的是非问题，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 合同相对性原则：

   • 从合同法的角度来看，合同具有相对性，即合同的权利和义务主要约束合同双方当事人。如果挂靠人与包工头签订的协议中，并未明确涉及被挂靠公司的权利和义务，且被挂靠公司并非该协议的当事人，那么根据合同相对性原则，被挂靠公司通常不需要承担该协议下的付款责任。

2. 表见代理或职务行为：

   • 如果挂靠人在与包工头签订协议时，以被挂靠公司的名义进行，且包工头有理由相信挂靠人有权代表被挂靠公司签订合同（例如，挂靠人出示了被挂靠公司的授权书或相关证明文件），那么这可能构成表见代理。在这种情况下，被挂靠公司可能需要承担付款责任，因为包工头作为善意第三人，有理由相信挂靠人的行为代表了被挂靠公司。
   • 另外，如果挂靠人是被挂靠公司的员工，且其签订协议的行为属于职务行为（即在其职责范围内行事），那么被挂靠公司也可能需要承担付款责任。

3. 实际履行情况：

   • 在实践中，如果被挂靠公司实际参与了协议的履行（例如，直接向包工头支付款项、提供材料或服务等），或者挂靠人与被挂靠公司之间存在某种形式的利益关联（如挂靠费、管理费等），那么这可能被视为被挂靠公司对协议的认可或追认，从而可能需要承担付款责任。

4. 法律责任与风险防控：

   • 对于被挂靠公司而言，为了避免不必要的法律风险和责任，应当加强对挂靠行为的管理和监督。例如，可以明确规定挂靠人不得以被挂靠公司的名义签订合同或进行其他法律行为，或者要求挂靠人在签订合同前必须获得被挂靠公司的明确授权。
   • 同时，被挂靠公司也可以考虑在挂靠协议中明确约定双方的权利和义务，以及违约责任和争议解决方式等，以降低潜在的法律风险。

建议：

• 如果你作为挂靠人、包工头或被挂靠公司的一方，面临此类问题，建议首先仔细审查相关协议和合同条款，明确各方的权利和义务。
• 如有必要，可以寻求专业律师的帮助，对具体情况进行法律分析和风险评估，以便更好地维护自己的合法权益。

在处理此类问题时，务必保持谨慎和理性，避免因为一时疏忽或误解而引发不必要的法律纠纷。如果你有任何进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。