经济赔偿金只发最低薪资是否合法，需分情况讨论：
若经济赔偿金的计算基数本就为最低薪资：
- 在某些特定情况下，如员工的实际工资低于当地最低工资标准，或者双方在劳动合同中有明确约定以最低工资作为经济赔偿金的计算基数（但这种约定需不违反法律法规的强制性规定，且需员工明确同意），那么经济赔偿金按照最低薪资发放可能是合法的。但这种情况较为特殊，且需要满足一系列条件。
若经济赔偿金的计算基数应为员工实际工资，但只发了最低薪资：
- 一般情况下不合法。根据《劳动合同法》及相关规定，经济赔偿金的计算通常基于员工的实际工资水平，包括基本工资、奖金、津贴等。如果公司仅按照最低工资标准支付经济赔偿金，而员工的实际工资远高于此，那么这种做法很可能是违法的。员工有权要求公司按照其实际工资水平支付经济赔偿金。
- 具体法律依据：根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，而非最低工资。
特殊情况下的考量：
- 如果公司因经营困难、破产等原因无法支付全额经济赔偿金，且已经按照法定程序进行了清算或重组，那么在这种情况下，公司可能只能按照最低工资标准或更低的标准支付经济赔偿金。但即便如此，也需要经过法定程序，并确保员工的合法权益得到尽可能的保护。
法律建议：
- 对于员工：如果你认为公司支付的经济赔偿金不合法，首先可以与公司进行协商，要求公司按照你的实际工资水平支付经济赔偿金。如果协商无果，你可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
- 对于公司：在支付经济赔偿金时，应严格按照法律法规的规定进行计算和支付。如果确实存在经营困难等特殊情况，应及时与员工进行沟通，并寻求合法的解决方案，以避免不必要的法律纠纷。
可能后果：
- 如果公司违法支付经济赔偿金，可能会面临劳动争议仲裁委员会的裁决或人民法院的判决，要求公司补足差额部分，并可能承担额外的法律责任，如支付滞纳金、赔偿金等。
- 对于员工来说，如果未能及时维护自己的合法权益，可能会遭受经济损失，并可能影响其未来的就业和职业发展。
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