结论：总公司涉嫌非法吸收公众存款（非吸）时，一般情况下不能直接起诉加盟商及员工，但需根据具体情况分析加盟商及员工是否涉及共同犯罪或单独犯罪。
一、关于加盟商的责任分析
独立经营情况：
- 如果加盟商与总公司之间是独立的经营关系，加盟商仅使用总公司的品牌、技术或管理模式，但财务、人事等均独立于总公司，且加盟商并未参与总公司的非吸行为，那么加盟商通常不承担总公司的非吸责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，犯罪主体需具备主观故意和客观行为。若加盟商无主观故意且未实施非吸行为，则不构成犯罪。
共同经营或协助情况：
- 如果加盟商与总公司存在共同经营非吸业务的行为，或者加盟商明知总公司从事非吸活动而提供协助（如提供资金账户、帮助宣传等），则加盟商可能构成共同犯罪，需承担相应的刑事责任。
- 案例参考：在类似案件中，法院通常会根据加盟商的具体行为、主观故意程度等因素，判断其是否构成共同犯罪。
二、关于员工的责任分析
职务行为情况：
- 如果员工仅是在总公司的安排下从事正常的职务行为，且对总公司的非吸行为不知情或无法预见，那么员工通常不承担刑事责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》的“罪责自负”原则，员工仅对其个人行为负责，不对公司的犯罪行为负责。
明知或参与情况：
- 如果员工明知总公司从事非吸活动而积极参与，或者利用职务之便为总公司的非吸行为提供便利（如虚构项目、伪造合同等），则员工可能构成共同犯罪或单独犯罪，需承担相应的刑事责任。
- 司法实践：在司法实践中，法院会根据员工的职位、职责、行为以及主观故意程度等因素，综合判断其是否构成犯罪。
三、特殊情况与建议
特殊情况：
- 如果加盟商或员工在总公司的非吸行为中起到了关键作用，或者其行为直接导致了非法吸收公众存款的结果，那么他们可能面临更严重的刑事责任。
- 另外，如果加盟商或员工在总公司非吸行为被查处后，试图转移资产、毁灭证据等，也可能构成新的犯罪行为。
建议：
- 对于加盟商和员工而言，如果得知总公司涉嫌非吸，应立即停止与总公司的相关合作或职务行为，并主动向相关部门报告情况。
- 同时，加盟商和员工应保留好相关证据（如合同、转账记录、沟通记录等），以便在必要时证明自己的清白或减轻责任。
- 有问题直接向我咨询：如果您或您身边的人遇到类似情况，或有任何关于公司法务、刑事辩护方面的疑问，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。