在非吸案（非法吸收公众存款案）中，公司性质（如总部与分公司）能否单独起诉，需根据具体情况综合判断，无统一答案。 以下从不同角度分析可能的情况及法律依据：

1. 单独立案的情形

• 地域管辖因素：
  若总部与分公司位于不同行政区域，且各自辖区内的司法机关对犯罪行为有管辖权（如犯罪行为发生在当地），则可能依据《刑事诉讼法》关于“犯罪地管辖”的规定，分别立案侦查、起诉和审判。
  例如：总部在北京，分公司在上海，且上海分公司独立开展非法吸存活动，上海司法机关可单独立案。

• 犯罪行为独立性：
  若分公司具有独立的营销团队、吸存方案，且资金流向与总部不混同（如财务独立核算），则单独立案有助于清晰查明犯罪事实和责任。
  法律依据：根据《刑法》及相关司法解释，非法吸收公众存款罪的认定需结合“非法性”“公开性”“利诱性”“社会性”四要件。若分公司行为独立满足要件，可单独追责。

• 案件复杂性与司法效率：
  若案件涉及多地区、大量受害者，或案情特别复杂（如资金链跨区域），单独立案可提高办案效率，确保每个案件得到及时处理，并便于后续追诉和赔偿。

2. 合并立案的情形

• 关联性：
  若分公司的非法吸存行为是在总部的直接指导或控制下进行（如统一制定吸存方案、分配资金），且两者在资金、人员、业务等方面存在紧密关联，则通常会将两者视为一个整体合并立案。
  法律依据：根据《刑法》第25条（共同犯罪），若总部与分公司构成共同犯罪，需合并追责。

• 统一性：
  若分公司仅为总部的分支机构，无独立经营决策权和财务制度（如所有资金由总部统一调配），则合并立案更为合适，以避免重复追责或遗漏责任。

3. 单独立案的利弊

• 利：
  
  • 提高办案效率，加快侦查、起诉和审判进程。
    
  • 精准打击犯罪，确保罪责相适应（如分公司独立犯罪时，避免总部承担过重责任）。
• 弊：
  
  • 协调难度大，可能导致不同司法机关在证据收集、事实认定、法律适用等方面存在差异。
    
  • 量刑不平衡，影响司法公正性和权威性（如同一行为在不同地区量刑差异）。

4. 实际操作中的考虑因素

• 证据收集：
  若证据显示分公司具有独立性（如独立合同、资金流水），则单独立案可能更合适；反之，若证据显示总部控制分公司行为，则合并立案更合理。
• 法律适用：
  需仔细研究《刑法》及相关司法解释，确保立案方式符合法律规定（如共同犯罪的认定标准）。
• 社会影响：
  考虑立案方式对社会的影响，尽量维护社会稳定和受害者合法权益（如合并立案可能更有利于统一追偿）。

5. 法律建议

• 若您是受害者：
  建议向当地公安机关报案，并提供总部与分公司的关联证据（如合同、资金流水、宣传材料等），以便司法机关综合判断是否单独立案。
• 若您是公司方：
  建议尽快委托律师介入，梳理总部与分公司的业务、资金关系，评估单独立案或合并立案的风险，并制定应对策略。

总结：非吸案中公司性质能否单独起诉，需结合地域管辖、犯罪行为独立性、案件复杂性、关联性等因素综合判断。若您有具体案情或证据，可直接向我咨询，我将结合实际情况为您提供更详细的法律分析。