结论：申请劳动能力鉴定时，若已提交两家医院的病历资料，但在预约鉴定系统中仅录入一家，可能影响鉴定流程的完整性，但并非绝对不可行。具体需结合当地鉴定机构要求及病历资料的必要性综合判断。

1. 从鉴定流程完整性角度分析

劳动能力鉴定需全面评估劳动者的伤残程度，病历资料是核心依据之一。若两家医院的病历均涉及关键伤情（如不同治疗阶段的记录、不同科室的诊断意见），仅录入一家可能导致鉴定机构无法全面掌握伤情，进而影响鉴定结论的准确性。
建议：

• 联系当地劳动能力鉴定委员会，确认是否需要补充另一家医院的病历资料；
  
• 若系统允许，在预约后补充提交另一家医院的病历（如通过现场提交或线上上传）。
  

2. 从病历资料的必要性角度分析

若两家医院的病历内容重复（如同一伤情的多次复查记录），或其中一家的病历与劳动能力鉴定无关（如治疗其他疾病的记录），则仅录入一家可能不影响鉴定。但需注意：

• 鉴定机构可能要求说明未提交另一家病历的原因；
  
• 若后续发现遗漏关键病历，可能需重新申请鉴定。
  建议：
  
• 自行核对两家病历的内容，确认是否均与工伤伤情直接相关；
  
• 若另一家病历无实质性作用，可准备书面说明（如“另一家医院病历为重复检查记录，无需提交”），以备鉴定机构询问。
  

3. 从实际操作风险角度分析

若未录入另一家病历且未主动说明，鉴定机构可能以“资料不全”为由要求补充或延期鉴定，甚至影响鉴定结论的公信力。
建议：

• 优先通过系统或现场补充提交另一家病历；
  
• 若无法补充，务必在申请时书面说明情况（如“另一家医院病历已附在纸质材料中”或“该病历与鉴定无关”），并保留相关证据。
  

总结：为避免流程延误或结论争议，建议尽可能完整提交所有相关病历资料。若已发生遗漏，需根据病历重要性及时补救，并主动与鉴定机构沟通。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。