结论：用人单位因员工偷快递而被快递公司扣押派费的行为，其合法性需根据具体情况判断，若用人单位无合法依据或规章制度，则扣押派费行为不合法；若用人单位有合法且明确的规章制度，并且员工确实存在偷窃行为，则扣押派费行为可能具有合法性，但仍需遵循相关法律规定。以下从不同角度进行分析：
从劳动关系与法律规定角度
劳动者的劳动报酬权：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资（或在此情境下可类比为派费）应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。员工作为用人单位的一员，享有获得劳动报酬（或派费）的法定权利。
用人单位扣除工资（或派费）的法定情形：
- 用人单位通常仅在法律明确规定或劳动合同/规章制度明确约定的情形下，才可扣除劳动者工资（或派费）。若因员工本人原因给用人单位造成经济损失，且劳动合同中有相应约定，用人单位可要求赔偿，但扣除部分需遵循法定上限，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准。在此案例中，若用人单位欲扣除派费作为赔偿，需确保此行为符合劳动合同或规章制度的约定，并且扣除比例和剩余派费金额需符合法律规定。
公司规章制度的合法性：
- 用人单位若欲通过规章制度扣除员工派费，该规章制度必须合法、明确，并经过民主程序制定及公示。若规章制度本身不合法或未明确规定员工偷窃快递的赔偿责任，则用人单位不能直接扣押派费。
从员工偷窃行为责任认定角度
员工的履职情况与故意行为：
- 员工若存在偷窃快递的行为，显然违反了职业道德和法律法规，应承担相应的法律责任。然而，这并不意味着用人单位可以随意扣押其派费。用人单位需依据合法有效的规章制度或劳动合同来处理此类事件。
用人单位的管理责任：
- 用人单位有责任建立完善的快递保管、运输等管理制度，以保障快递安全。若因用人单位管理不善导致快递被偷（尽管在此案例中是员工偷窃，但用人单位仍需考虑其管理责任是否到位），用人单位应承担相应责任。不过，在员工偷窃的情况下，用人单位的管理责任可能相对较轻，但仍需确保其处理方式合法合规。
应对措施与建议
沟通协商：
- 用人单位应先与员工进行沟通协商，说明情况，并依据合法有效的规章制度或劳动合同来处理派费扣押问题。若员工对扣押派费有异议，用人单位应提供充分的证据和理由来支持其决定。
法律途径：
- 若协商不成，员工或用人单位均可寻求法律途径解决争议。员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益；用人单位则可以通过法律程序来追究员工的法律责任，并要求赔偿因偷窃行为造成的损失。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
总结与建议：
用人单位在处理员工偷窃快递并扣押派费的问题时，应确保其行为合法合规，并依据合法有效的规章制度或劳动合同来处理。同时，用人单位也应加强内部管理，完善快递保管、运输等制度，以预防类似事件的发生。若遇到法律争议或问题，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。