结论：被申请人对仲裁金额有异议，仍然会进行仲裁，但被申请人有权在仲裁过程中提出自己的异议和理由，仲裁庭会依法进行审理并作出裁决。
详细分析：
仲裁程序的进行：
- 仲裁程序一旦启动，除非双方达成和解或申请人撤回仲裁申请，否则仲裁庭会继续进行仲裁程序，直至作出裁决。
- 被申请人对仲裁金额有异议，并不构成阻止仲裁程序进行的法定理由。仲裁庭会依法对双方的主张和证据进行审查，并作出公正的裁决。
被申请人的异议权利：
- 在仲裁过程中，被申请人有权对仲裁金额提出异议，并可以提供相关证据和理由来支持自己的观点。
- 仲裁庭会充分考虑被申请人的异议，并根据事实和法律作出裁决。如果被申请人的异议成立，仲裁庭可能会调整仲裁金额。
仲裁裁决的效力：
- 仲裁裁决是终局性的，对双方当事人具有法律约束力。一旦仲裁庭作出裁决，双方当事人应当履行裁决所确定的义务。
- 如果被申请人对仲裁裁决不服，可以在法定期限内向人民法院申请撤销裁决或申请不予执行裁决，但这并不影响仲裁裁决本身的效力和仲裁程序的进行。
法律建议：
- 准备充分证据：如果被申请人对仲裁金额有异议，应当准备充分的证据来支持自己的观点，如工资单、劳动合同、工作记录等。
- 积极参与仲裁程序：被申请人应当积极参与仲裁程序，提出自己的异议和理由，并配合仲裁庭的审理工作。
- 考虑后续救济途径：如果被申请人对仲裁裁决不服，可以在法定期限内考虑向人民法院申请撤销裁决或申请不予执行裁决，但应当注意申请的条件和期限。
可能后果：
- 如果被申请人的异议成立，仲裁庭可能会调整仲裁金额，从而减轻被申请人的赔偿责任。
- 如果被申请人的异议不成立，仲裁庭将维持原仲裁金额，被申请人需要按照裁决履行赔偿义务。
- 如果被申请人不履行仲裁裁决，申请人可以向人民法院申请强制执行，这可能会给被申请人带来更大的法律后果。
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