针对您提出的“公司只有二个员工档案怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，无论公司规模大小，员工档案的管理都是一项重要且严肃的工作。根据《企业职工档案管理工作规定》，企业职工档案是企业劳动、组织、人事等部门在招用、调配、培训、考核、奖惩、选拔和任用等工作中形成的有关职工个人经历、政治思想、业务技术水平、工作表现以及工作变动等情况的文件材料，是历史地、全面地考察职工的依据，也是国家档案的组成部分。

对于只有两个员工档案的公司，我建议您采取以下措施进行妥善管理：

1. 设立专门的档案管理区域或档案柜：

   • 确保档案有固定的存放位置，避免随意放置导致丢失或损坏。
   • 档案柜应具备防火、防蛀、防潮、防光、防盗等功能，以保障档案的安全。

2. 明确档案管理责任人：

   • 指定一名员工（如行政或人事专员）负责档案的收集、整理、保管和提供利用等工作。
   • 档案管理责任人应接受相关培训，了解档案管理的基本知识和技能。

3. 建立档案管理制度：

   • 制定档案收集、整理、保管、借阅、转递等具体流程和规定。
   • 确保所有档案操作都有记录可查，如档案借阅需登记借阅人、借阅时间、归还时间等信息。

4. 及时收集和整理档案材料：

   • 对员工在招用、调配、培训、考核等工作中形成的材料，应及时收集并整理归档。
   • 确保档案材料的真实、完整、准确，避免虚假或遗漏信息。

5. 做好档案的保密和安全工作：

   • 严禁任何人私自保存他人档案或利用档案材料营私舞弊。
   • 对违反档案管理规定的行为，应视情节轻重给予严肃处理。

6. 考虑电子化档案管理：

   • 如果条件允许，可以考虑将纸质档案进行电子化扫描和存储，以便更方便地管理和利用。
   • 电子化档案管理应确保数据的安全性和可访问性，同时遵守相关法律法规关于数据保护的规定。

7. 定期检查和更新档案：

   • 定期对档案进行检查，确保档案的完整性和准确性。
   • 对员工工作变动、奖惩等情况及时更新档案内容。

最后，我想强调的是，无论公司规模大小，档案管理都是一项不容忽视的工作。它不仅关系到员工的个人权益，也关系到公司的正常运营和合规性。因此，我建议您务必重视档案管理工作，并采取有效措施确保档案的安全、完整和有效利用。如果您在档案管理过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时咨询专业的档案管理机构或律师。