当公司有工伤保险但不配合赔偿时，法院在判决时会依据一系列法律程序和证据来做出公正裁决。以下是一个详细且深入的解答，帮助您理解这一过程：
一、自行收集证据并申请工伤认定
收集证据：
- 劳动关系证明：这是基础且关键的证据，包括劳动合同、工资支付记录（如银行流水）、工作证、考勤记录等。这些证据能够证明您与公司之间存在劳动关系。
- 工伤发生相关证据：包括事故发生的时间、地点、经过等证明材料，如现场照片、视频、证人证言等。这些证据有助于证明工伤事故的真实性和发生经过。
申请工伤认定：
- 如果公司未在规定时间内（通常是事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内）向社会保险行政部门提出工伤认定申请，您或您的近亲属、工会组织可以在1年内直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出申请。
- 社会保险行政部门会根据提交的证据材料进行审核调查，并作出是否认定为工伤的决定。
二、申请劳动仲裁
准备材料：
- 仲裁申请书：详细陈述申请事项、事实和理由，明确请求公司支付的工伤赔偿项目和金额。
- 相关证据材料：包括前面收集的劳动关系证明、工伤认定决定书以及其他与工伤赔偿相关的证据。
提起仲裁：
- 将准备好的仲裁申请书和相关证据材料提交给劳动争议仲裁委员会。
- 在仲裁过程中，积极配合仲裁庭的调查和询问，如实陈述事实，提供证据支持自己的主张。
执行仲裁裁决：
- 如果仲裁委员会作出裁决支持您的诉求，而公司仍然不履行支付义务，您可以向有管辖权的人民法院申请强制执行。
三、法院判决过程
起诉与受理：
- 如果劳动仲裁未能解决问题，或者您对仲裁结果不满意，您可以向人民法院提起诉讼。
- 法院在受理案件后，会审查您的起诉状和相关证据材料，决定是否立案。
开庭审理：
- 法院会安排开庭审理，双方当事人（您和公司）需要出庭陈述事实、提供证据、进行辩论。
- 法院会根据双方当事人的陈述和提供的证据，对案件进行全面审查。
判决与执行：
- 法院会根据审理情况，依法作出判决。如果判决公司支付工伤赔偿，而公司仍然不履行，您可以向法院申请强制执行。
- 法院在执行过程中，会采取一系列措施（如查封、扣押、拍卖等）来确保判决得到履行。
四、其他途径
向劳动监察部门投诉：
- 您可以拨打当地劳动监察部门的投诉电话，或者直接到劳动监察部门办公场所进行现场投诉。
- 详细说明公司的违法行为，并提供相关证据材料。劳动监察部门会对投诉进行调查处理。
寻求法律援助或咨询专业律师：
- 如果您经济困难或其他符合法律援助条件，可以向当地的法律援助机构申请法律援助。
- 您也可以自行咨询专业的劳动法律师，律师可以根据您的具体情况提供专业的法律建议和解决方案。
总结：当公司有工伤保险但不配合赔偿时，您可以通过自行收集证据并申请工伤认定、申请劳动仲裁、向法院提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。在诉讼过程中，法院会依据法律程序和证据来做出公正裁决。同时，您也可以考虑向劳动监察部门投诉或寻求法律援助来增强自己的维权能力。