员工对公司进行敲诈是一种严重的违法行为，不仅损害了公司的利益，也破坏了正常的职场秩序。针对这种行为，公司有权利也有义务采取相应措施来维护自身的合法权益。

首先，当公司发现员工存在敲诈行为时，应第一时间着手收集和固定证据。这些证据可以包括敲诈过程中的聊天记录、通话录音、邮件往来等，它们能够直观呈现敲诈者的要求与意图，是证明敲诈事实存在的关键。收集证据时，公司应确保证据的合法性、真实性和完整性，以便在后续的法律程序中发挥应有的作用。

其次，收集好证据后，公司应向公安机关报案。公安机关会按照《中华人民共和国刑法》中敲诈勒索罪的相关规定，对案件进行立案侦查。在报案过程中，公司应详细陈述敲诈事实，并提供相关证据材料。公安机关将会对案件进行调查，并根据调查结果依法处理。

若敲诈罪名成立，敲诈者将面临刑事处罚。具体的量刑会根据敲诈数额、犯罪情节、认罪态度等因素综合判定。一般来说，敲诈勒索公私财物，数额较大或者多次敲诈勒索的，会处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。数额巨大或者有其他严重情节的，会处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，会处十年以上有期徒刑，并处罚金。

在整个处理过程中，公司应保持冷静，切勿私下与敲诈者妥协并支付款项。因为这样做可能导致证据链断裂，还可能让公司陷入更大的风险。同时，公司要积极配合公安机关的调查工作，提供详细、准确的信息，以此维护自身合法权益，让敲诈者受到应有的法律制裁。

此外，公司也可以考虑通过内部管理制度来预防类似事件的发生。例如，加强员工法治教育，提高员工的法律意识；建立完善的内部控制体系，加强对员工行为的监督和管理；建立举报机制，鼓励员工积极举报违法行为等。这些措施可以有效地降低员工敲诈等违法行为的发生概率，维护公司的正常运营和合法权益。