关于承包人起诉发包人，发包人反诉承包人逾期施工赔偿损失的诉讼时效问题，结论如下：

1. 诉讼时效的基本规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。因此，在一般情况下，发包人反诉承包人逾期施工赔偿损失的诉讼时效为三年。

2. 诉讼时效的起算点：

   • 诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在建设工程合同纠纷中，这通常意味着发包人应在知道或应当知道承包人逾期施工并造成损失之日起三年内提起反诉。
   • 例如，如果合同约定的竣工日期为2020年1月1日，而承包人实际竣工日期为2020年6月1日，且发包人在此时知道或应当知道逾期施工的事实，则发包人应在2023年6月1日之前提起反诉，否则可能丧失胜诉权。

3. 诉讼时效的中断与中止：

   • 中断：根据《民法典》第一百九十五条，有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：（一）权利人向义务人提出履行请求；（二）义务人同意履行义务；（三）权利人提起诉讼或者申请仲裁；（四）与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形。在建设工程合同纠纷中，如果发包人在诉讼时效期间内向承包人提出赔偿请求，或者双方就赔偿问题进行协商，都可能导致诉讼时效的中断。
   • 中止：根据《民法典》第一百九十四条，在诉讼时效期间的最后六个月内，因下列障碍，不能行使请求权的，诉讼时效中止：（一）不可抗力；（二）无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人，或者法定代理人死亡、丧失民事行为能力、丧失代理权；（三）继承开始后未确定继承人或者遗产管理人；（四）权利人被义务人或者其他人控制；（五）其他导致权利人不能行使请求权的障碍。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。在建设工程合同纠纷中，如果因不可抗力或其他法定原因导致发包人无法及时提起反诉，诉讼时效可能会中止。

4. 反诉与本诉的关系：

   • 在承包人起诉发包人的案件中，发包人提出反诉是基于同一法律关系或相关法律关系，旨在抵销或吞并本诉的诉讼请求。反诉的诉讼时效通常与本诉的诉讼时效相关联，但并非完全相同。发包人应在反诉的诉讼时效期间内提起反诉，否则可能面临败诉的风险。

5. 实务建议：

   • 发包人在发现承包人逾期施工并造成损失后，应及时收集证据，包括合同、施工记录、验收报告等，以证明逾期施工的事实和损失的大小。
   • 发包人应在诉讼时效期间内提起反诉，并确保反诉的诉讼请求与本诉的诉讼请求具有关联性。
   • 如果发包人担心诉讼时效可能过期，可以考虑在诉讼时效期间内向承包人发出书面通知，要求其赔偿损失，以中断诉讼时效。
   • 在整个过程中，发包人应咨询专业律师，以确保其权益得到充分保护。

总结：发包人反诉承包人逾期施工赔偿损失的诉讼时效一般为三年，自知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在诉讼时效期间内，发包人应及时提起反诉，并注意诉讼时效的中断与中止情形。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。