结论：在原告作为农民工起诉被告工程公司承担用工主体责任的案件中，法院的裁判需依据具体事实和法律规定进行，通常涉及对用工关系、责任主体及赔偿范围的认定。以下从不同角度详细分析：

一、用工关系的认定

1. 事实劳动关系：

   • 若农民工与工程公司之间存在事实劳动关系（如实际接受工程公司管理、从事工程公司安排的工作、由工程公司支付工资等），则法院可能依据《劳动合同法》及相关规定，认定工程公司为用工主体，需承担相应的用工责任。
   • 法律依据：《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）中规定了认定事实劳动关系的标准。

2. 劳务关系：

   • 若农民工与工程公司之间仅构成劳务关系（如通过包工头等中间人介绍，与工程公司无直接管理关系，工资由包工头等支付），则法院可能认定工程公司不直接承担用工主体责任，但可能根据具体情况，如工程公司是否存在过错等，判决其承担部分或连带责任。
   • 特殊情形：若工程公司违法将工程分包给不具备用工主体资格的组织或个人（如包工头），根据《保障农民工工资支付条例》等相关规定，工程公司仍需承担用工主体责任。

二、责任主体的确定

1. 直接责任主体：

   • 在事实劳动关系下，工程公司为直接责任主体，需承担用工责任，包括支付工资、提供劳动保护、缴纳社会保险等。
   • 在劳务关系下，若工程公司无过错，则直接责任主体可能为包工头等中间人；但若工程公司存在过错（如未尽到监管责任、违法分包等），则可能需承担连带责任。

2. 连带责任主体：

   • 根据《保障农民工工资支付条例》等相关规定，若工程公司违法分包给不具备用工主体资格的组织或个人，导致农民工工资未支付，工程公司需承担连带清偿责任。

三、赔偿范围的确定

1. 工资支付：

   • 无论用工关系如何，农民工均有权获得应得的工资报酬。法院将根据农民工提供的证据（如工作记录、工资条、证人证言等）确定工资数额，并判决工程公司或相关责任主体支付。

2. 其他损失：

   • 若农民工因工程公司的过错（如未提供劳动保护、未缴纳社会保险等）遭受其他损失（如工伤赔偿、医疗费用等），法院将根据具体情况判决工程公司承担相应的赔偿责任。

四、法院裁判的考量因素

1. 证据充分性：

   • 法院在裁判时，将重点审查农民工提供的证据是否充分、能否证明其与工程公司之间的用工关系及工资支付情况等。

2. 法律规定：

   • 法院将严格依据《劳动合同法》、《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规进行裁判，确保裁判结果的合法性和公正性。

3. 公平原则：

   • 在认定责任主体和赔偿范围时，法院将兼顾农民工的合法权益和工程公司的实际情况，遵循公平原则进行裁判。

建议：若您作为农民工遇到此类问题，建议及时收集并保存好相关证据（如工作记录、工资条、证人证言等），并向当地劳动监察部门投诉或向法院提起诉讼。同时，若您对具体法律程序或赔偿标准有疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。