在工程建设项目中，变更部分通常是可以支付进度款的，但具体能否支付以及支付的条件和方式，需依据合同约定和相关法律法规来确定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：
- 如果工程建设合同中明确规定了变更部分可以支付进度款，并且详细说明了支付的条件、方式和时间等，那么双方应按照合同约定执行。这种情况下，变更部分支付进度款是合法且合理的。
合同中无明确约定或约定不明：
- 如果合同中没有明确规定变更部分是否可以支付进度款，或者约定不明确，那么双方应首先通过协商来达成一致。协商时，可以参考行业惯例、市场价格以及变更部分对工程进度和成本的实际影响等因素。
- 若协商无果，双方可以依据《中华人民共和国民法典》中关于合同履行和变更的相关规定，通过诉讼或仲裁等方式解决争议。
二、法律法规角度
遵循公平原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体在从事民事活动时，应当遵循公平原则，合理确定各方的权利和义务。因此，在变更部分支付进度款的问题上，应确保双方的权益得到公平保障。
变更部分的合法性：
- 变更部分必须是在合法范围内进行的，且符合工程建设的相关法律法规和规范要求。如果变更部分存在违法或违规行为，那么支付进度款的要求可能会受到法律限制或制裁。
三、实际操作角度
及时沟通与确认：
- 在工程建设过程中，一旦发生变更，双方应及时沟通并确认变更部分的内容、范围和影响等。这有助于为后续支付进度款提供准确依据。
完善变更手续：
- 变更部分应办理完善的手续，包括变更申请、审批、确认等环节。这有助于确保变更部分的合法性和有效性，也为支付进度款提供了有力支持。
合理确定支付金额和时间：
- 根据变更部分的实际完成情况和合同约定，双方应合理确定支付金额和时间。这有助于确保支付进度款的合理性和及时性，维护双方的合法权益。
四、风险提示
- 如果变更部分未经双方确认或存在争议，支付进度款可能会引发纠纷和风险。因此，在支付前应确保变更部分已经得到双方的明确认可和确认。
- 如果变更部分导致工程成本增加或工期延长等不利后果，双方应在合同中明确约定责任承担方式。这有助于避免在支付进度款时产生不必要的争议和纠纷。
建议：在工程建设项目中，为确保变更部分能够顺利支付进度款，双方应在合同中明确约定相关条款和条件。同时，在变更发生时及时沟通、确认并办理完善手续，以维护双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。