已批复的工程变更是否纳入进度款支付，需视合同具体约定及工程实际情况而定，但通常情况下，已批复的工程变更应当纳入进度款支付。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同约定角度
明确约定纳入：若建设工程合同中明确约定了“已批复的工程变更应纳入进度款支付”，则双方应严格按照合同约定执行。这种情况下，工程变更一旦获得批复，其相关费用即应计入进度款，随工程进度一并支付。
未明确约定或约定不明：若合同中未明确约定工程变更是否纳入进度款支付，或约定不明，则双方可能因此产生争议。此时，应依据合同法的相关规定，结合工程实际情况和行业惯例进行协商解决。若协商无果，可寻求法律途径解决争议。
二、工程实际情况角度
变更内容对进度款的影响：工程变更可能涉及工程量的增减、工程范围的扩大或缩小、工程标准的提高或降低等，这些变更都可能对进度款产生影响。若变更内容直接关联到工程进度，且已获得批复，则通常应纳入进度款支付。
变更的审批与支付流程：在实际操作中，工程变更的审批与支付流程可能因项目而异。但一般来说，变更申请需经相关部门审批后，方可纳入进度款支付。因此，已批复的工程变更在符合支付条件的情况下，应纳入进度款支付。
三、法律建议与风险提示
完善合同条款：为避免争议，建议在建设工程合同中明确约定工程变更的审批流程、支付方式及时间节点等关键条款。这样，在工程变更发生时，双方可依据合同约定迅速处理，减少不必要的纠纷。
及时沟通与协商：在工程变更过程中，双方应保持密切沟通，及时就变更内容、费用及支付方式等达成一致意见。若遇争议，应优先通过协商解决，以维护双方合作关系。
法律途径解决争议：若协商无果，双方可依据合同约定或相关法律法规，通过仲裁或诉讼等法律途径解决争议。在此过程中，建议寻求专业律师的协助，以确保自身权益得到充分保障。
总结来说，已批复的工程变更是否纳入进度款支付，需结合合同约定及工程实际情况进行判断。在合同有明确约定的情况下，应严格按照约定执行；在合同未明确约定或约定不明的情况下，应依据相关法律法规和行业惯例进行协商解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。