结论：车辆擦碰后双方都离开现场，最后又协议赔偿的，一般情况下车辆不会被扣留，但需根据具体情况处理后续事宜，包括报警备案、保留证据、履行赔偿协议等。

1. 关于车辆扣留：

   • 在车辆擦碰事故中，如果双方已经离开现场，但随后达成了赔偿协议，且没有涉及酒驾、毒驾、逃逸等违法行为，通常情况下，交警部门不会因为事故本身而扣留车辆。车辆扣留通常发生在需要调查事故原因、收集证据或存在违法行为的情况下。

2. 后续处理建议：

   • 报警备案：尽管双方已经达成赔偿协议，但建议仍然向交警部门报案，说明事故情况，并提交赔偿协议作为备案。这样做可以确保事故有正式记录，避免未来可能出现的纠纷。
   • 保留证据：双方应保留好事故现场的照片、视频、赔偿协议等相关证据，以备不时之需。这些证据在未来可能用于证明事故责任、赔偿金额等关键问题。
   • 履行赔偿协议：双方应严格按照赔偿协议履行各自的义务。如果一方未履行协议，另一方可以通过法律途径追究其责任。

3. 特殊情况处理：

   • 如果事故中存在酒驾、毒驾、逃逸等违法行为，或者事故造成了人员伤亡或重大财产损失，那么情况就会复杂得多。在这种情况下，即使双方已经达成赔偿协议，交警部门仍可能扣留车辆进行调查，并可能涉及刑事责任。
   • 如果赔偿协议存在争议或一方反悔，另一方可以通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或申请仲裁。

4. 法律责任与风险：

   • 双方离开现场后达成赔偿协议，虽然可以避免一些即时的法律纠纷，但也存在一定的风险。例如，如果事后发现事故责任认定有误或赔偿金额不合理，再想通过法律途径解决就会更加困难。
   • 因此，在达成赔偿协议前，建议双方充分沟通、协商，并尽可能咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和合理性。

总结与建议：车辆擦碰后双方都离开现场，最后又协议赔偿的，一般情况下车辆不会被扣留。但为了确保自身权益和避免未来可能出现的纠纷，建议双方报警备案、保留证据、履行赔偿协议，并在必要时咨询专业律师的意见。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。