关于国有建设用地出让约定的开工时间，在调查闲置原因期间是否算闲置时间的问题，结论是：这取决于闲置的具体原因，不同原因下闲置时间的计算方式有所不同。以下从不同角度进行详细分析：
一、一般情况下的闲置时间计算
根据《闲置土地处置办法》，对于以出让方式取得的土地使用权，其闲置时间的计算起始点为国有建设用地使用权有偿使用合同或者划拨决定书约定的动工开发日期。若土地在约定动工开发日期后未按规定动工开发，且没有法定或约定的免责事由，则从约定动工开发日期的次日起开始计算闲置时间。这种情况下，调查闲置原因的时间并不影响闲置时间的计算，即调查期间也算作闲置时间。
二、因政府原因造成闲置的特殊情况
若因政府或政府有关部门的行为导致土地无法按约定动工开发的，如未按照国有建设用地使用权有偿使用合同或者划拨决定书约定、规定的期限、条件将土地交付给国有建设用地使用权人，或因行政区划调整、政府换届、部门衔接等原因导致相关审批手续未办理等，闲置时间应从消除这些阻碍因素后重新约定的动工开发日期开始计算。在这种情况下，调查闲置原因的时间（即政府原因导致无法动工的时间）不计入闲置时间。
三、不可抗力或政策调整等特殊情况
因不可抗力或者政府、政府有关部门的行为或者动工开发必需的前期工作造成动工开发迟延的，不计入闲置时间。例如，在建设过程中遭遇了严重的自然灾害，如洪水、地震等，导致工程无法正常进行，这段时间不计入闲置期限。同样，当国家或地方出台新的产业政策、环保政策等对项目建设产生影响时，导致土地暂时无法动工开发的，也可根据实际情况对闲置期限进行调整。在这些特殊情况下，调查闲置原因的时间同样不计入闲置时间。
四、法院判例参考
虽然无法直接提供具体的法院判例，但根据相关法律法规和司法实践，法院在审理类似案件时，通常会根据闲置的具体原因、合同约定以及相关法律法规的规定，综合判断闲置时间的计算方式。例如，如果土地闲置是由于政府原因导致的，且政府已经出具了相关证明文件，法院在判决时可能会采纳这些证明文件，并据此调整闲置时间的计算。
五、法律建议
希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何其他法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。