结论：工资少发50元两年能否补回，需视具体情况而定，包括少发的原因、是否已过仲裁时效以及是否有相关证据支持等。以下从不同角度为您详细分析：
一、少发工资的原因
公司计算错误或疏忽：
- 如果公司是因为计算错误或疏忽导致少发了50元工资，且您能提供相关证据（如工资条、银行流水等）证明实际应发工资与实发工资存在差额，那么您有权要求公司补发这部分工资。
公司故意少发：
- 如果公司是故意少发工资，这可能构成违法行为。根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资。故意少发工资可能面临劳动行政部门的处罚，同时您也有权要求公司补发工资并可能获得相应的赔偿。
二、仲裁时效问题
一般仲裁时效：
- 根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 如果您在两年内未就少发工资的问题向公司提出异议或申请仲裁，那么可能面临超过仲裁时效的风险。但请注意，如果公司持续少发工资，且您能证明这一行为是持续的，那么仲裁时效可能从最后一次少发工资之日起计算。
特殊情况下的仲裁时效：
- 如果因不可抗力或有其他正当理由，导致您无法在一年内申请仲裁，仲裁时效可以中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
- 如果劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议，且您在劳动关系终止之日起一年内提出仲裁申请，那么您的仲裁请求将不受一年仲裁时效期间的限制。但这一规定主要适用于拖欠较大数额劳动报酬的情况，对于少发50元工资是否适用，可能需结合具体情况和当地司法实践来判断。
三、证据收集与维权途径
证据收集：
- 您需要收集相关证据来证明公司少发了工资，如工资条、银行流水、劳动合同、公司规章制度等。这些证据将有助于您在仲裁或诉讼中证明自己的主张。
维权途径：
- 协商：首先，您可以尝试与公司协商解决此事，要求公司补发少发的工资。
- 投诉：如果协商无果，您可以向当地劳动行政部门投诉，请求劳动行政部门介入调查并处理此事。
- 仲裁：如果投诉仍未解决问题，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司补发工资并可能获得相应的赔偿。
- 诉讼：如果对仲裁结果不满，您还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
四、实际操作建议
及时行动：
- 鉴于仲裁时效的限制，建议您尽快采取行动，收集证据并考虑通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径来维护自己的权益。
咨询专业人士：
- 在处理此类问题时，您可以咨询专业的劳动法律师或劳动保障部门的工作人员，以获取更具体的法律建议和指导。
最后，虽然少发50元工资看似金额不大，但您的合法权益仍应得到保护。如果您有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请随时向我咨询。