针对您提出的“工人违章操作发生工厂损失怎么赔偿”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，即使工人因违章操作造成了工厂的损失，并且这一操作同时也导致了工人自身的工伤，根据《工伤保险条例》的立法精神，我国工伤认定实行的是无过错责任原则。这意味着，无论职工在工作过程中是否存在违章作业等过错行为，只要符合《工伤保险条例》规定的工伤认定情形，就应当认定为工伤，并有权按照正常的工伤赔偿程序获得赔偿。
一、工伤赔偿的基本原则
- 无过错责任原则：工伤认定不考虑职工的过错，只要符合工伤认定条件，就应认定为工伤。
- 赔偿主体：赔偿责任主要由用人单位或工伤保险基金承担。如果用人单位未为职工缴纳工伤保险费，则原本应由工伤保险基金支付的费用将全部由用人单位承担。
二、赔偿流程
- 工伤认定申请：职工发生事故伤害后，所在单位应在规定时间内向社会保险行政部门提出工伤认定申请。若单位未按规定时间申请，工伤职工或其近亲属、工会组织可在一年内直接提出申请。
- 劳动能力鉴定：工伤职工经治疗伤情相对稳定后，应进行劳动能力鉴定，以确定伤残等级和生活自理障碍程度。
- 赔偿协商与支付：根据劳动能力鉴定结果，用人单位或工伤保险基金将按照规定的赔偿项目和标准进行赔偿。
三、赔偿项目与支付主体
由工伤保险基金支付的项目：
- 治疗工伤的医疗费用和康复费用
- 住院伙食补助费
- 到统筹地区以外就医的交通食宿费
- 安装配置伤残辅助器具所需费用
- 生活护理费
- 一次性伤残补助金
- 一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴等
由用人单位支付的项目：
- 治疗工伤期间的工资福利
- 五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴
- 终止或解除劳动合同时的一次性伤残就业补助金等
四、特殊情况下的赔偿处理
- 劳动者过错的影响：虽然工伤认定不考虑职工过错，但在实际操作中，如果劳动者违反安全操作规程发生事故，可能会因其过错影响工伤赔偿的某些方面，如赔偿数额的协商、用人单位对内部纪律的处理等。但这并不改变工伤赔偿的基本原则和流程。
- 工厂损失的赔偿：对于工人违章操作造成的工厂直接经济损失，如设备损坏、产品报废等，这通常不属于工伤赔偿的范畴。工厂可以根据内部规章制度或劳动合同中的相关条款，要求工人承担相应的赔偿责任。但这一赔偿与工伤赔偿是分开的，需要分别处理。
五、建议
- 及时申请工伤认定：确保工伤职工能够及时获得法律保障和赔偿。
- 咨询专业律师：在处理工伤赔偿和工厂损失赔偿问题时，建议咨询专业律师或相关机构，以确保自身权益得到充分保障。
- 完善内部管理：工厂应加强安全管理和培训，减少违章操作的发生，从而降低工伤和工厂损失的风险。
综上所述，工人违章操作发生工厂损失时，工伤赔偿和工厂损失赔偿是两个独立的问题，需要分别处理。工伤赔偿遵循无过错责任原则，由用人单位或工伤保险基金承担；而工厂损失的赔偿则可能需要根据内部规章制度或劳动合同中的相关条款来处理。