双方当事人约定待相关证件办理后再进行土地开发，这样的约定在符合法律规定且不违反公序良俗的情况下，是有效的。以下从多个角度进行详细分析：
一、合同效力的基本原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。这意味着，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方当事人意思表示真实，合同就是有效的。在您所描述的情况中，双方约定待相关证件办理后再进行土地开发，这属于当事人之间的特别约定，只要该约定不违反法律强制性规定，就是有效的。
二、证件办理与合同履行的关系
证件办理作为合同生效条件：
- 如果双方明确约定，相关证件的办理是合同生效的前提条件，那么在该证件办理完成之前，合同虽然成立但尚未生效。一旦证件办理完成，合同即生效，双方应按照合同约定履行各自的义务。
证件办理作为合同履行条件：
- 如果双方约定，相关证件的办理是合同履行的一个条件，而非合同生效的条件，那么合同在成立时即生效。但是，在证件办理完成之前，一方或双方可以暂停履行合同中的相关义务，待证件办理完成后继续履行。
三、可能存在的法律风险及防范
证件办理的风险：
- 如果相关证件因政策调整、审批程序复杂等原因无法按时办理完成，可能导致合同无法按时履行。为防范此类风险，双方可以在合同中约定证件办理的时间限制，以及因证件办理延误导致的违约责任和赔偿方式。
合同效力的争议：
- 如果双方对合同效力的理解存在分歧，可能引发争议。为避免此类争议，双方应在合同中明确约定合同生效的条件和履行的条件，以及因条件不成就时的处理方式。
四、实际操作建议
明确约定：
- 在签订合同时，双方应明确约定相关证件的办理是合同生效的条件还是履行的条件，以及具体的办理时间和违约责任。
及时沟通：
- 在证件办理过程中，双方应保持及时沟通，了解证件办理的进展情况，以便及时调整合同履行计划。
寻求法律帮助：
- 如果在合同履行过程中遇到法律问题或争议，双方应及时寻求法律帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
总结来说，双方约定待相关证件办理后再进行土地开发，这样的约定在符合法律规定且不违反公序良俗的情况下是有效的。但为避免潜在的法律风险，双方应在合同中明确约定相关条款，并在履行过程中保持及时沟通。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。