民间组织的法人确实可以免除其秘书长的职务，但具体能否免除及免除的程序和条件，需依据该民间组织的章程及相关法律法规来确定。以下从几个方面进行详细分析：
组织章程的规定：
- 民间组织，无论是社团、民办非企业单位还是基金会，通常都会制定有自己的章程。章程是组织的基本大法，规定了组织的宗旨、业务范围、组织机构、成员权利与义务等重要事项。
- 关于秘书长的任免，章程中往往会有明确的规定。如果章程中明确规定了法人（或理事会、常务理事会等决策机构）有权免除秘书长的职务，并且规定了相应的程序和条件，那么法人就可以按照章程的规定来执行。
相关法律法规的约束：
- 除了组织章程外，民间组织的活动还受到相关法律法规的约束。例如，《社会团体登记管理条例》、《民办非企业单位登记管理暂行条例》等，这些法规对民间组织的组织机构、人员任免等方面都有一定的规定。
- 在免除秘书长职务时，需要确保不违反这些法律法规的规定。如果法律法规对秘书长的任免有特别要求（如需要经过特定程序、需要满足特定条件等），那么必须遵守这些要求。
免除职务的合法性与合理性：
- 即使组织章程和相关法律法规都允许法人免除秘书长的职务，但在实际操作中，还需要考虑免除职务的合法性与合理性。
- 合法性主要指的是免除职务的程序是否合法，是否符合章程和法律法规的规定。合理性则主要指的是免除职务的原因是否合理，是否基于正当的理由和充分的证据。
实际操作中的建议：
- 在免除秘书长职务前，建议法人先仔细审查组织章程和相关法律法规的规定，确保自己有权免除且免除程序合法。
- 同时，建议与秘书长进行充分的沟通，了解其想法和意见，尽量通过协商的方式解决问题。如果协商无果，再按照章程和法律法规的规定进行免除。
- 在免除职务后，还需要及时办理相关的变更登记手续，确保组织的合法性和正常运营。
举例说明：
假设某民间社团的章程中明确规定：“理事会有权免除秘书长的职务，但需经过三分之二以上理事同意，并报登记管理机关备案。”在该社团中，如果法人（或理事会）认为秘书长存在严重失职行为，想要免除其职务，那么就需要按照章程的规定，召开理事会会议，经过三分之二以上理事同意后，再报登记管理机关备案。
总结与建议：
民间组织的法人可以免除其秘书长的职务，但必须严格遵守组织章程和相关法律法规的规定。在免除职务前，建议进行充分的审查和沟通；在免除职务后，需要及时办理变更登记手续。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。