社会组织法人可以兼任秘书长，但需满足一定条件并遵循相关法律法规及章程规定。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律法规层面
《社会团体登记管理条例》的相关规定：
- 该条例并未直接禁止社会团体的法定代表人兼任秘书长。社会团体的法定代表人一般由理事长（会长）担任，但也可以由理事长（会长）指定或理事会选举产生其他负责人担任。若章程允许，法定代表人（无论是否为理事长）可以兼任秘书长。
其他相关法律法规：
- 除了《社会团体登记管理条例》外，其他如《基金会管理条例》、《民办非企业单位登记管理暂行条例》等，也未明确禁止法定代表人兼任秘书长。关键在于遵循各具体类型社会组织的章程规定。
二、章程规定层面
章程的制定与修改：
- 社会组织的章程是其内部治理的基本准则，必须依法制定并报登记管理机关核准。章程中应明确规定法定代表人的产生、职责以及是否可以兼任其他职务（如秘书长）。
- 若章程允许法定代表人兼任秘书长，则该安排是合法的；若章程禁止或未明确规定，则需通过修改章程来明确。
章程的灵活性：
- 不同社会组织的章程可能因组织类型、规模、业务范围等因素而有所不同。因此，在判断法定代表人是否可以兼任秘书长时，需具体查阅该组织的章程。
三、实际操作层面
内部治理的合理性：
- 即使法律法规和章程允许法定代表人兼任秘书长，也需考虑内部治理的合理性。法定代表人作为组织的法律代表，负责对外代表组织签署文件、参与诉讼等；而秘书长则负责组织的日常管理和运营。若两者职务由同一人担任，可能需确保该人具备足够的时间和精力来履行双重职责。
利益冲突与监督机制：
- 法定代表人兼任秘书长可能引发利益冲突问题，如财务审批、项目决策等。因此，需建立有效的监督机制来确保组织的决策和运营符合法律法规和章程规定，防止利益输送和腐败行为的发生。
四、建议与注意事项
查阅章程与法律法规：
- 在决定法定代表人是否兼任秘书长前，应首先查阅该组织的章程以及相关法律法规，确保该安排符合规定。
评估内部治理能力：
- 评估拟兼任秘书长的法定代表人是否具备足够的时间和精力来履行双重职责，以及是否具备相应的管理能力和经验。
建立监督机制：
- 若决定法定代表人兼任秘书长，应建立有效的监督机制来确保组织的决策和运营符合法律法规和章程规定。
及时修改章程：
- 若章程未明确规定法定代表人是否可以兼任秘书长，或需修改相关规定以适应组织发展的需要，应及时召开会员大会或理事会进行修改并报登记管理机关核准。
如有更多关于社会组织法人兼任秘书长的具体问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。