社会团体的秘书长在特定条件下可以担任法人。具体分析如下：
一、社会团体法定代表人的通常规定
根据《社会团体章程示范文本》及相关规定，理事长（会长）通常为社会团体的法定代表人。这是因为理事长（会长）作为社会团体的主要负责人，对社团的运营和管理负有直接责任，由其担任法定代表人有助于确保社团的合法性和规范性。
二、秘书长担任法定代表人的特殊情况
尽管理事长（会长）是通常的法定代表人选择，但在特定条件下，秘书长也可以担任社会团体的法定代表人。这些条件包括：
特殊情况的存在：当理事长（会长）因故无法担任法定代表人时，如因健康、工作变动等原因，可以考虑由秘书长担任。
理事长（会长）的委托：秘书长担任法定代表人需要得到理事长（会长）的明确委托。这是确保法定代表人变更合法性和有效性的重要步骤。
理事会的同意：除了理事长（会长）的委托外，秘书长担任法定代表人还需要得到理事会的同意。理事会作为社会团体的决策机构，其同意是法定代表人变更的必要条件。
业务主管单位的审查：在得到理事长（会长）的委托和理事会的同意后，秘书长担任法定代表人还需要报业务主管单位进行审查。业务主管单位会对社会团体的运营和管理进行监督，确保其符合相关法律法规和政策要求。
社团登记管理机关的批准：最后，秘书长担任法定代表人还需要得到社团登记管理机关的批准。社团登记管理机关是负责社会团体登记和管理的政府部门，其批准是法定代表人变更的最终环节。
三、法律建议与风险提示
遵守章程和规定：社会团体在变更法定代表人时，应严格遵守其章程和相关规定，确保变更过程的合法性和有效性。
及时办理变更手续：一旦决定由秘书长担任法定代表人，社会团体应及时办理相关变更手续，包括向业务主管单位和社团登记管理机关提交申请材料等。
注意法律风险：在变更法定代表人过程中，社会团体应注意防范法律风险，如确保委托书的合法性和有效性、避免未经批准擅自变更等。
咨询专业律师：虽然我在此提供了相关法律建议，但每个社会团体的具体情况可能有所不同。因此，在变更法定代表人过程中，社会团体如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。