社会团体法人的会长和秘书长一般不可以由同一人兼任，这主要基于以下法律和实务层面的考量：

一、法律层面的规定

1. 《社会团体登记管理条例》的间接限制
   虽然《社会团体登记管理条例》未直接规定会长与秘书长不得兼任，但强调社会团体应建立民主决策机制（如理事会、常务理事会），并要求法定代表人由会长（理事长）或秘书长担任。若会长与秘书长由同一人兼任，可能导致法定代表人职责与内部决策权过度集中，违背“权力制衡”原则。

2. 章程的自治性约束
   社会团体章程可自主规定职务设置及兼任限制。实践中，多数章程会明确禁止会长与秘书长兼任，以避免利益冲突或管理混乱。例如，章程可能规定“会长不得兼任秘书长、财务负责人等职务”，此类条款具有法律效力。

二、实务层面的考量

1. 内部治理风险
   若会长与秘书长由同一人担任，可能削弱理事会或常务理事会的监督职能，导致决策缺乏透明度。例如，秘书长通常负责日常执行，若同时担任会长，可能绕过集体决策程序直接实施重大事项，增加管理风险。

2. 外部合规要求
   社会团体需接受登记管理机关的年度检查，其中内部治理结构是否健全是重要审查内容。若会长与秘书长兼任，可能被认定为治理结构不合理，影响年检结果甚至导致行政处罚。

三、特殊情形与建议

1. 章程明确允许的例外
   若社会团体章程未禁止兼任，且符合以下条件，可能被允许：

   • 规模较小、成员较少的社会团体；
     
   • 兼任者具备充分的时间与能力履行双重职责；
     
   • 通过理事会决议并报登记管理机关备案。
     但此类情形极少见，需谨慎评估风险。

2. 实务建议

   • 避免兼任：为确保治理合规，建议会长与秘书长由不同人员担任，形成相互监督的机制。
     
   • 完善章程：若确有兼任需求，应在章程中明确兼任条件、程序及监督措施，并报登记管理机关批准。
     
   • 咨询登记机关：部分地区可能对兼任问题有具体规定，建议提前与当地民政部门沟通确认。

四、法律后果提示

若违反规定擅自兼任，可能面临以下后果：

1. 登记管理机关责令限期改正；
   
2. 影响社会团体信用评级或年检结果；
   
3. 在涉及诉讼或行政处罚时，兼任情况可能被认定为治理缺陷，加重责任。

如需进一步分析具体章程条款或地方规定，可直接向我咨询，我会结合您所在地区的社会团体管理政策提供针对性建议。