社会组织秘书长可以担任法定代表人，但需满足一定条件并遵循相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：

一、法律法规依据

根据《中华人民共和国民法典》及相关社会组织登记管理条例的规定，社会组织的法定代表人通常由该组织的负责人担任，如理事长、会长或秘书长等。但具体能否由秘书长担任，还需结合社会组织的章程以及相关法律法规的具体要求来判断。

二、社会组织章程的重要性

1. 章程规定：社会组织的章程是其内部管理的基本准则，其中会明确规定法定代表人的产生方式、职责和权限等。因此，若章程中明确规定秘书长可以担任法定代表人，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则秘书长可以担任。
2. 修改章程：若章程中未明确规定秘书长可以担任法定代表人，但社会组织希望由秘书长担任，则可能需要通过修改章程的方式来实现。修改章程需遵循一定的程序，如召开会员大会或理事会进行表决等。

三、担任法定代表人的条件

1. 完全民事行为能力：担任社会组织的法定代表人需具备完全民事行为能力，即能够独立进行民事活动并承担民事责任。
2. 无违法记录：法定代表人应无违法犯罪记录，且未被列入失信被执行人名单等。
3. 符合章程要求：除法律法规外，还需符合社会组织章程中关于法定代表人的其他要求，如年龄、学历、工作经验等。

四、可能面临的法律后果

1. 若符合条件且程序合法：秘书长担任法定代表人后，将依法行使职权并承担相应责任。若其行为符合法律法规和章程规定，则不会面临法律后果。
2. 若不符合条件或程序违法：若秘书长在不符合条件或程序违法的情况下担任法定代表人，可能会面临被撤销任职资格、承担法律责任等后果。同时，社会组织也可能因此受到行政处罚或承担民事责任。

五、建议与注意事项

1. 查阅章程：在决定由秘书长担任法定代表人前，应仔细查阅社会组织章程，确保该决定符合章程规定。
2. 遵循程序：若需修改章程或进行其他相关程序，应严格按照法律法规和章程规定的程序进行。
3. 咨询专业意见：在做出决定前，建议咨询专业律师或相关部门的意见，以确保决定的合法性和有效性。

若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。