结论：在右转车已停在停车线三秒后被摩托车追尾的情况下，责任划分需根据具体情况来确定，但一般来说，摩托车驾驶员可能承担主要或全部责任，不过也存在特殊情况需要具体分析。以下是从不同角度的详细分析：
一、一般情况下的责任划分
追尾事故的基本原则：
- 在交通事故中，追尾事故通常遵循“后车负责”的原则。这是因为后车驾驶员有义务保持与前车的安全距离，以便在前车突然制动或停车时能够及时避让。
右转车已停车的情况：
- 如果右转车已经合法停在停车线内，并且已经停稳三秒，这表明右转车驾驶员已经履行了其停车的义务。此时，如果摩托车从后方追尾，那么摩托车驾驶员很可能因未保持安全距离或未注意前方路况而承担主要或全部责任。
二、特殊情况下的责任划分
右转车存在违法行为：
- 如果右转车在停车过程中存在违法行为，如违规停车、未打转向灯等，这些行为可能成为事故发生的诱因之一。在这种情况下，右转车驾驶员也可能需要承担一定的责任。但具体责任比例需根据违法行为的严重程度和其对事故发生的贡献程度来确定。
摩托车驾驶员的特殊情况：
- 如果摩托车驾驶员存在酒驾、毒驾、无证驾驶等违法行为，或者因突发疾病等原因导致无法正常驾驶，这些情况都可能影响责任划分。在这些特殊情况下，摩托车驾驶员可能需要承担更重的责任。
道路环境因素：
- 道路环境因素也可能对责任划分产生影响。例如，如果道路湿滑、视线不佳或者存在其他障碍物，这些因素可能增加事故发生的可能性。在这种情况下，如果道路环境因素对事故发生有显著影响，那么责任划分可能需要考虑这些因素。
三、法律建议
及时报警并保护现场：
- 在发生交通事故后，应立即报警并保护现场。警方会进行现场勘查并出具交通事故责任认定书，这是确定责任划分的重要依据。
收集证据：
- 双方驾驶员应尽可能收集与事故相关的证据，如现场照片、视频、证人证言等。这些证据有助于更准确地还原事故经过并确定责任划分。
咨询专业律师：
- 如果对责任划分存在争议或不确定如何处理后续事宜，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见并协助处理相关事宜。
进一步思考：在处理此类交通事故时，除了考虑责任划分外，还需要关注赔偿问题。如果摩托车驾驶员承担主要或全部责任，那么他可能需要赔偿右转车驾驶员的车辆损失、人身伤害等费用。具体赔偿金额和方式需根据相关法律法规和实际情况来确定。因此，在处理交通事故时，建议双方保持冷静并积极配合警方和律师的工作，以便尽快解决问题并恢复正常的生产生活秩序。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。