针对您提出的“工程款未付清，但施工方法人死亡不能开发票了”这一问题，以下是分情况的核心结论及详细说明：

1. 施工方法人死亡，公司主体仍存续的情况
   若施工方为有限责任公司或股份有限公司，法人死亡通常不影响公司主体资格（除非公司已注销或吊销）。此时：

   • 发票开具义务：公司仍需履行开票义务，可由新任法定代表人或授权人员办理。您可要求施工方提供新法人身份证明、授权委托书等材料，配合完成开票。
     
   • 工程款支付：若合同未约定“先票后款”，您有权要求施工方先开具发票，再支付剩余款项；若合同有约定，可协商变更条款或通过法律途径主张权利。
     
   • 风险防范：建议书面催告施工方限期开票，并保留催告记录（如邮件、短信），避免因拖延导致发票超过开票期限。

2. 施工方法人死亡，公司已注销或吊销的情况
   若施工方公司已注销或吊销，其民事主体资格终止，无法直接开具发票。此时：

   • 发票替代方案：
     
     • 税务机关代开：若施工方为小规模纳税人或个体工商户，可尝试向税务机关申请代开增值税普通发票（需提供合同、付款凭证等材料）。
       
     • 其他凭证：若无法代开，可要求施工方提供加盖公章的收款收据、银行转账记录等作为付款凭证，并附情况说明（注明法人死亡、公司注销等事实）。
       
   • 工程款追讨：若公司注销前未清算债务，您可向股东、实际控制人主张权利（需证明其未依法清算或存在恶意逃债行为）；若公司已清算，需核查清算程序是否合法，是否存在遗漏债务。
     
   • 税务风险：若未取得合法发票，您可能无法在企业所得税前扣除成本，需与税务机关沟通，提供替代凭证并说明情况，争取税前扣除。

3. 施工方为个人（个体工商户或自然人）的情况
   若施工方为个人，法人死亡即意味着合同主体灭失，此时：

   • 发票开具：个人死亡后无法开具发票，但可由其继承人协助处理。您可要求继承人提供死亡证明、继承关系证明等材料，并协商以继承人名义开具发票（如个体工商户可变更经营者后开票）。
     
   • 工程款支付：若继承人同意继续履行合同，可签订补充协议明确权利义务；若拒绝履行，您可依据《民法典》第1161条向继承人主张债务（以遗产实际价值为限）。
     
   • 税务处理：若无法取得发票，可向税务机关申请代开或提供其他合法凭证（如法院判决书、仲裁裁决书），并说明无法开票的原因。

行动建议：

1. 立即核查施工方的主体资格（是否注销、吊销或变更法人），并收集相关证明材料（如工商登记信息、死亡证明等）。
   
2. 根据主体资格情况，选择上述方案中的一种或多种，与施工方或其继承人协商解决。
   
3. 若协商无果，可委托律师发送律师函或直接向法院起诉，主张工程款及违约金（如有约定）。
   
4. 同步咨询税务机关，了解发票替代方案及税前扣除政策，降低税务风险。
   

如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询，我将结合您的合同条款、付款记录等材料，提供更精准的解决方案。