核心结论：销售提成、佣金、回扣的发放若想合法且不被查，关键在于确保其符合法律法规的强制性规定，尤其是要满足税务合规、商业贿赂防范以及合同约定明确等核心要求。以下从这三个方面展开详细说明：

1. 税务合规是基础

• 提成与佣金的税务处理：销售提成和佣金属于劳动报酬或经营所得的一部分，必须依法纳入个人所得税或企业所得税的征税范围。企业或个人在发放时，应代扣代缴个人所得税（针对个人）或自行申报企业所得税（针对企业），并保留完整的税务凭证，如发票、合同、支付记录等。若未依法纳税，不仅可能面临税务处罚，还可能被认定为非法所得。
• 回扣的税务风险：回扣若被认定为商业贿赂，则不仅税务上不合法，还可能涉及刑事犯罪。即使回扣在形式上被伪装成“促销费”“咨询费”等，只要其本质是为了获取不正当交易机会或优势，均属于非法行为。因此，回扣在任何情况下都不应被发放或接受，否则将面临严重的法律后果。

2. 防范商业贿赂是关键

• 提成与佣金的合法性边界：提成和佣金本身并非非法，但若其发放与交易结果直接挂钩，且缺乏合理的商业理由，可能被认定为商业贿赂。例如，若销售人员为了促成交易而向对方支付“好处费”，即使以提成或佣金的名义，也可能被认定为非法。因此，提成和佣金的发放应基于合法的销售业绩或服务提供，且比例应合理，不得超出行业惯例或公司规定。
• 避免利益输送：企业应建立严格的内部控制制度，防止销售人员通过提成或佣金进行利益输送。例如，可以设定提成上限、要求审批流程、定期审计等措施，确保提成和佣金的发放透明、合规。

3. 合同约定明确是保障

• 提成与佣金的合同依据：企业与销售人员或第三方机构之间应签订明确的合同，约定提成或佣金的计算方式、支付条件、税务处理等事项。合同应符合《民法典》等相关法律法规的规定，确保双方权利义务清晰，避免因约定不明而产生纠纷。
• 回扣的合同禁止：在合同中应明确禁止任何形式的回扣行为，并约定违约责任。若发现对方要求或接受回扣，应立即终止合作并保留证据，必要时向相关部门举报。

4. 额外建议：合规培训与监督

• 定期合规培训：企业应定期对销售人员进行合规培训，强调提成、佣金与回扣的法律边界，提高其法律意识。
• 内部监督机制：建立内部监督机制，如设立合规部门或聘请外部律师进行定期审计，确保销售活动的合法性。

总结：销售提成和佣金在符合税务合规、商业贿赂防范以及合同约定明确的前提下，可以合法发放。而回扣则因涉及商业贿赂，在任何情况下都不应被发放或接受。若您在具体操作中仍有疑问，欢迎直接向我咨询，我将为您提供更详细的法律指导。