结论：公司扣销售提成是否合法不能一概而论，需结合劳动合同、公司规章制度、提成发放约定以及回款延迟原因等多方面因素综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 劳动合同或公司规章制度是否有明确约定

• 若劳动合同或公司规章制度中明确规定“提成发放以客户回款为前提，且回款延迟超过一定期限（如3个月）时，公司有权暂扣或调整提成”，则公司行为可能具有合法性基础。
  
• 关键点：制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）、已向员工公示或告知，且内容不违反法律强制性规定（如最低工资标准）。若制度未履行上述程序，即使有约定也可能被认定为无效。

2. 提成发放条件是否与回款直接挂钩

• 若双方约定提成计算以“实际到账金额”为准，而非“开票金额”，则公司以回款延迟为由扣提成可能合理。例如，销售合同中明确约定“客户付款后公司才支付提成”，此时回款是提成发放的触发条件。
  
• 反例：若合同或制度仅约定“开票后即支付提成”，或未明确回款与提成的关系，则公司单方扣款可能构成违约，需承担赔偿责任。

3. 回款延迟是否因销售人员过错导致

• 若回款延迟是因销售人员未履行催款义务、未及时提交材料等自身原因造成，公司可能依据内部规定扣减提成作为责任承担方式。
  
• 例外：若回款延迟是因客户破产、不可抗力等非销售人员可控因素导致，公司扣提成可能缺乏合理性，需结合具体证据判断。

4. 扣减比例是否合理

• 即使公司有权扣提成，扣减比例也需合理。例如，若提成总额为10万元，公司因3个月回款延迟扣减5万元，可能被认定为显失公平，违反《劳动合同法》中“用人单位不得克扣或无故拖欠劳动者工资”的规定。
  
• 建议：扣减比例应与回款延迟的损失（如资金占用成本）相当，且需通过民主程序制定制度并公示。

5. 法律风险提示与建议

• 对员工：
  
  1. 检查劳动合同、公司制度中关于提成的约定，确认是否有“回款延迟扣提成”的条款；
     
  2. 若公司扣款无依据，可先协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张补发提成及可能的赔偿金。
     
• 对公司：
  
  1. 完善提成制度，明确回款与提成的关系、扣减条件及比例，并通过民主程序公示；
     
  2. 保留回款延迟与销售人员过错相关的证据（如催款记录、客户反馈），避免单方扣款引发纠纷。

总结：公司扣销售提成的合法性需结合具体约定和事实判断。若您面临此类纠纷，建议提供劳动合同、公司制度、提成计算方式等材料，以便进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询。