全民合同制职工的劳动争议，一般不直接适用人事争议仲裁程序，而是适用劳动争议仲裁程序。以下是对这一问题的详细分析：
一、全民合同制与人事争议、劳动争议的定义及区别
全民合同制：全民合同制是我国劳动用工制度的一种形式，主要适用于国有企业和集体企业等，它强调企业与职工之间通过签订劳动合同来确立劳动关系。
人事争议：通常指的是国家机关、事业单位、社会团体等与其工作人员之间因人事管理事项（如录用、调动、工资、福利、退休等）而发生的争议。这类争议往往涉及人事政策、法规及单位内部规章制度。
劳动争议：则是指劳动者与用人单位之间因劳动权利和义务而发生的争议，如劳动合同的签订、履行、变更、解除和终止，以及工资、工时、休息休假、劳动安全卫生等事项。
二、全民合同制职工争议的仲裁程序适用
劳动争议仲裁：全民合同制职工与用人单位之间的争议，如工资支付、劳动合同解除等，通常属于劳动争议范畴。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，这类争议应当通过劳动争议仲裁程序来解决。
人事争议仲裁的适用范围：人事争议仲裁主要适用于国家机关、事业单位、社会团体等与其工作人员之间的人事管理争议。全民合同制职工并不属于这些范畴，因此其争议一般不适用人事争议仲裁程序。
三、特殊情况下的处理
虽然全民合同制职工的争议一般不适用人事争议仲裁程序，但在某些特殊情况下，如全民合同制职工被借调或调动到国家机关、事业单位等单位工作，并因此发生争议时，可能需要根据具体情况判断争议的性质及适用的仲裁程序。然而，这种情况相对较少见，且通常会有明确的法律规定或政策指导来处理。
四、建议与总结
明确争议性质：在发生争议时，全民合同制职工应首先明确争议的性质，判断其是否属于劳动争议范畴。
选择正确的仲裁程序：根据争议的性质，选择正确的仲裁程序来维护自己的合法权益。对于劳动争议，应向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对于人事争议（如果涉及），则应向相应的人事争议仲裁机构申请仲裁。
寻求专业帮助：在处理争议过程中，如果遇到复杂或难以解决的问题，建议寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。
如果您在处理全民合同制职工的劳动争议过程中遇到任何问题，或者需要进一步的法律咨询和帮助，请随时向我咨询。