结论：公司以迟报日志为由进行扣款是否合法，需结合具体情况判断，主要取决于公司规章制度是否合法有效、扣款是否符合法定标准及程序。以下分情况说明：

1. 若公司规章制度合法且扣款符合法定标准
   根据《劳动合同法》第四条，公司可通过民主程序制定规章制度（如员工手册），并公示或告知劳动者。若规章制度中明确规定“日志迟报属于违纪行为，可扣减一定比例工资”，且该规定不违反法律强制性规定（如扣款后工资不低于当地最低工资标准），则公司扣款行为可能合法。
   关键点：

   • 规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商）；
     
   • 内容需合理，不得滥用扣款权（如扣款比例过高可能被认定为克扣工资）；
     
   • 需向员工公示或告知（如签字确认、系统公告）。

2. 若公司规章制度不合法或扣款违反法定标准
   若公司未履行民主程序制定规章制度，或扣款导致员工工资低于最低工资标准，则扣款行为违法。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工原因给公司造成经济损失的，公司可按劳动合同约定扣款，但每月扣款不得超过当月工资的20%，且扣款后工资不得低于最低工资标准。若日志迟报未直接造成经济损失，公司以此为由扣款可能缺乏法律依据。
   关键点：

   • 扣款需以“造成经济损失”为前提，日志迟报本身不必然等同于经济损失；
     
   • 扣款比例和最低工资限制是法定红线，不可突破。

3. 若公司未通过规章制度规定扣款，直接扣款
   若公司未在规章制度中明确日志迟报的扣款规则，直接扣款可能涉嫌违法。根据《劳动合同法》第三十条，公司应按劳动合同约定足额支付工资，未经约定或法定程序扣款属于克扣工资，员工可依据《劳动争议调解仲裁法》申请仲裁，要求补发工资并可能主张赔偿金。

建议：

• 员工可要求公司出示规章制度及民主程序证明，核对扣款是否符合规定；
  
• 若公司扣款违法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 公司应完善制度设计，明确日志管理的目的（如工作衔接、考核依据），避免以扣款替代管理，可通过绩效扣分、警告等方式替代经济处罚。
  

如有进一步细节（如规章制度内容、扣款比例、是否造成损失等），可提供具体信息以便更精准分析。