结论：学校支付给食堂老板的员工工资，老板一般不可以随意扣除部分工资，但具体是否可以扣除需根据实际情况判断，如是否存在合法合理的扣款事由等。
分析如下：
一、从劳动关系角度分析
如果员工与食堂老板建立劳动关系：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位（即食堂老板）应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者（即员工）及时足额支付劳动报酬。
- 除非存在法定或约定的扣款事由（如员工因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且可以从其工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%），否则用人单位不得随意扣除员工工资。
如果员工与学校建立劳动关系，食堂老板只是代发工资：
- 在这种情况下，食堂老板作为代发方，并没有权利扣除员工工资。员工工资应由学校按照劳动合同约定和国家规定进行支付。
- 如果食堂老板擅自扣除工资，员工有权向学校反映情况，并要求学校进行纠正。
二、从合同约定角度分析
- 如果员工与食堂老板之间签订了劳动合同或相关协议，并且协议中明确规定了扣款事由和扣款方式，那么食堂老板在符合协议约定的情况下可以扣除部分工资。
- 但需要注意的是，合同中的扣款条款必须合法合理，不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害员工的合法权益。
三、从实际操作角度分析
- 在实际操作中，如果食堂老板想要扣除员工工资，必须提供充分的证据证明扣款事由的合法性和合理性。
- 例如，如果员工因违反公司规章制度或造成经济损失而被扣款，食堂老板需要提供相关的规章制度、损失证明等材料。
- 同时，食堂老板还需要确保扣款金额不超过法定或约定的限额，并且已经按照法定程序进行了告知和协商。
四、法律建议
- 对于员工：如果食堂老板擅自扣除工资，员工有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于食堂老板：在扣除员工工资前，务必确保扣款事由的合法性和合理性，并按照法定程序进行操作，以避免引发劳动争议和法律风险。
后续行动建议：如果您或您身边的人遇到了类似情况，建议先与食堂老板进行沟通协商，了解扣款的具体原因和依据。如果无法达成一致意见，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。