结论：这种操作方式存在一定法律风险，可能构成违法，但需结合具体情况判断。以下从不同角度详细分析：

1. 从劳动合同与社保缴纳主体一致性角度

根据《社会保险法》第五十八条，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。这里的“用人单位”应与签订劳动合同的主体保持一致。

• 若员工与全资子公司签订劳动合同，但由控股公司缴纳社保，则社保缴纳主体与合同主体不一致，可能违反《社会保险法》中关于“用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费”的规定。
  
• 风险点：社保部门可能以“未以用人单位名义缴纳社保”为由，要求补缴或处罚；员工也可能以此为由主张权益（如要求补缴社保、解除合同并索赔经济补偿金）。

2. 从关联企业用工关系角度

若全资子公司与控股公司存在关联关系（如控股公司是子公司的唯一股东），且双方通过内部协议约定由控股公司代缴社保，需满足以下条件才可能被认定为合法：

• 书面协议：子公司与控股公司需签订书面协议，明确代缴社保的合法性及责任划分；
  
• 员工知情并同意：员工需签署书面文件，确认知晓并同意由控股公司代缴社保；
  
• 实际用工关系：员工的工作内容、管理、薪资发放等仍由子公司负责，避免被认定为“事实劳动关系”与控股公司建立。
  
• 风险点：若未满足上述条件，可能被认定为“通过代缴规避社保义务”，面临行政处罚或劳动争议。

3. 从税务合规角度

社保缴纳与个税申报需保持一致。若员工工资由子公司发放，但社保由控股公司缴纳，可能导致：

• 个税与社保缴纳基数不一致：税务部门可能要求调整或补缴；
  
• 转移利润嫌疑：若子公司与控股公司存在税务筹划安排，可能被税务机关关注是否存在利用代缴社保转移利润、规避税收的问题。
  
• 风险点：税务合规风险可能引发进一步调查或处罚。

4. 实务建议

1. 优先保持主体一致：员工与哪家公司签合同，就由哪家公司缴纳社保，避免法律风险；
   
2. 若需代缴：
   
   • 签订三方协议（子公司、控股公司、员工），明确代缴关系及权利义务；
     
   • 确保员工工资、社保、个税申报主体一致；
     
   • 避免通过代缴规避最低工资、社保基数等强制性规定。
     
3. 咨询专业意见：具体操作前，建议结合公司架构、用工模式等细节，由律师或社保专员审核方案合规性。

总结：社保缴纳主体与劳动合同主体不一致存在违法风险，但通过完善协议、员工同意、税务合规等措施可降低风险。建议根据实际情况调整操作模式，或直接向我咨询具体方案。